近年来市场经济的作用促使大学作为利益主体的自我意识不断觉醒和强化，加上大学自身发展中的制度约束与资源约束，大学不得不寻求更有效率的资源配置方式。随着市场主体进入大学治理的主体范畴，如何协调这一新的利益关系格局，既获得效率而又不偏离大学的根本职能，乃是大学治理工作的要务。本文就我国大学的科研融资结构及其效率问题展开研究，结论是科研融资方式和科研融资比例对大学的教学、科研质量均存在显著的影响，并且，科研融资结构效率的提高必须以合理的科研融资方式的设计为前提，在此前提下，科研融资比例的优化才能发挥出正面的积极的作用。论文探讨了完善我国大学的科研融资结构的方向和准则，认为，大学一方面要积极汲取市场资源，同时制定相关的制度以规避企业的市场化行为对大学带来的冲击，即向“内生外发”型的发展趋势靠拢；政府要承担起大学治理外部监管者的重任，把握好“掌舵人”的角色，为大学科研工作提供外部环境和政策的支持；企业则需要正视科技在当今市场竞争中的重要地位，在与大学的科研合作中通过市场运作转化科研成果，利用其生产、经营和销售的优势，做好大学科技成果转化成产品的中下游工作。由此，大学的科研融资结构才能真正实现其服务于教学职能和科研职能的初衷，体现管理中的绩效要求。