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猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)是由PRRSV(porcine reproductive and respiratory syndrome virus)引起的以怀孕母猪流产、早产和死胎等繁殖障碍及仔猪呼吸道症状等为主要征候群的高度接触传染性疾病。2006年我国爆发了“无名高热”病,给我国养猪业造成巨大经济损失,经证实该病的病原主要为美洲型PRRSV的Nsp2基因部分缺失所产生的变异株(HP-PRRSV, highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus)。2007年PRRS在重庆市及其周边地区频繁发生,给养猪业造成巨大损失。为了了解本地区PRRSV的流行规律以及病毒的遗传变异情况,我们对2007年6-12月采自重庆市及其周边7个地区9个猪场的疑似PRRS感染的病料进行了病原检测,为PRRS的监控提供有力的实验证据。本研究利用RT-PCR方法对187份疑似PRRS病料进行病原检测,结果52份为阳性。根据强毒灭活苗株JXA1株(GeneBank no. EF112445)较经典株CH-1a株(GeneBank no.AY023626)在Nsp2处不连续缺失30个氨基酸这一特点,利用Primer Premier5.0在缺失区两端的保守序列设计引物P3/P4,对HP-PRRSV进行检测,结果显示29份为阳性。HP-PRRSV阳性样品BQ2、LK、LC、DA3、LK2和DZ的RT-PCR产物经回收后插入PUCm-T载体,转入DH5α扩大培养送往上海生物工程公司进行序列测定。所有测回序列与JXA1株同源性为98.4%-99.1%。样品核苷酸序列推导出的氨基酸序列通过生物学软件DNAStar中的Protean得到的二级结构并与JXA1、BJsy06、NX06和Henan-1利用同样方法得到的二级结构进行比较,结果表明,利用Alpha regions,Chou-Fasman方法,Beta regions,Chou-Fasman方法,Flexible Regions-Karplus-Schulz方法,Hydrophilicity Plot-Kyte-Doolittle方法,Antigentic Index-Jameson-Wolf方法和Surface Probability Plot-Emini方法比较得出的这些序列的二级结构基本一致。本次调查结果表明,重庆市及其周边7个地区PRRSV的感染普遍存在, PRRSV总的阳性率为27.81%(52/187)。其中,HP-PRRSV阳性率为15.51%(29/187),占PRRSV阳性总数的55.77%(29/52);经典PRRSV阳性率为12.3%(23/187),占PRRSV阳性总数的44.23%(23/52)。在整个调查期间,重庆地区猪群HP-PRRSV和经典型PRRSV流行呈现出一定的交替变化趋势:HP-PRRSV在2007年6-8月份23份PRRSV阳性样品中的阳性率高达80%-100%,9月39份PRRSV阳性样品中阳性率下降为12.82%,10-11月份样品检测则全为阴性,但12月份样品阳性率上升到28.56%。经典PRRSV在调查初期阳性率低,然后逐渐上升,至12月份达到57.14%。