猪伪狂犬病病毒蛋白激酶基因的克隆和生物信息学分析

来源 :四川农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:soundbo
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
将四川农业大学动物生物技术中心保存Fa株、疫苗株783株、Bartha株和SA215株,四川野毒株SN株、SS株、SO株、SL株和SCZ株,以及由韶关学院英东生物工程学院娄高明教授惠赠的北京株BJ株、广东株DG、湖北株HS株共计12株伪狂犬病病毒株,应用PCR技术扩增得到了PRV完整的PK基因的片段12条。回收PCR产物,成功连接转化到感受态细胞E.coli DH5a中。并通过菌落PCR和酶切鉴定正确后,送生物公司进行测序。将所的12条序列连同GenBank中登录的6条PK基因全序列共18条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、酶切位点的差异、密码子偏爱性,氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、二级结构、蛋白质结构功能域等生物信息学的内容进行预测和分析。同时,对疱疹病毒属的单纯疱疹病毒Ⅰ型、单纯疱疹病毒Ⅱ型、牛疱疹病毒Ⅰ型、马疱疹病毒Ⅰ型以及水痘带状疱疹病毒进行PK基因的同源性和结构功能域的分析。结果表明:PRV-PK基因的开放阅读框的核苷酸长度在1107~1170nt,氨基酸长度在369~390个之间,核酸同源性为96.7%~100%,氨基酸的同源性在73.9%~100%之间,在PK基因核酸序列1079~1099bp和240~250bp处有两个高变重复区,不同毒株基因均对GC极为偏爱。毒株间基因内酶切位点、蛋白质亲水性、抗原表位和蛋白质高级结构预测等内容的分析结果十分相似,说明PRV-PK基因具有很高的保守性。疱疹病毒的核苷酸同源性在2.2%~51.5%之间,氨基酸同源性在8.2%~39.3%之间。在PK基因编码的蛋白质序列中,发现具有真核细胞丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶氨基酸亚结构域特征序列,而且疱疹病毒PK基因具有一些特征性的、共有的氨基酸序列。该研究从病原、分子水平、生物信息等方面对PRV-PK基因进行了研究,对于PRV的流行病学研究及诊断和防治具有重要意义。
其他文献
为解决我国高密度养殖凡纳滨对虾蛋白质营养适宜与环境稳定问题,根据生态营养的理论和方法,本研究采用单因素随机区组试验设计,分别配制蛋白质水平为31%、35%、39%、43%和47%(以A~E组表
随着时代的迅猛发展和网络的普及,现在的高校的课堂,早已不是原来的粉笔、黑板擦、黑板的天下,而是互联网的世界.如何更好的利用互联网技术开展大学英语教学,是值得我们思考
语文是人文性极强的学科.语文学习给予学生的人文素养,不仅仅是语言积累、阅读能力和表达技巧,其人文思想启迪,某种程度上塑造的是一个人灵魂和精神的内核.教师需要把世界当
当今时代,教育已经不仅仅只关注与学生的卷面成绩如何,更多的注意力放在了学生的思想政治是否健全的问题上.高职院校的辅导员和教师,是学生在进入社会前学校教育的引路人和好
问题学生的形成往往都是多方面原因引起的,他们大都学习不好,但学习不好不是他们成为问题学生的起始原因.班主任如能了解学生心理,走进学生的内心世界,以独特的方式与学生沟
话剧表演属于空间上会受到很大限制的一种表演艺术,在进行话剧表演时,舞台空间不像电影、电视剧一样有较大的发展空间,也不像荧幕电影一样有广阔的表现空间,作为一门综合性较
摘 要: 本文通过一节公开课中导入环节所存在的问题,提出了新课导入所应遵循的原则,并通过一些课堂实例探讨了英语课堂常用的导入方法。  关键词: 初中英语课堂 课堂导入 导入原则 导入方式    一、引言    课堂教学中的导入环节,是整个课堂教学的有机组成部分,其重要意义不可忽视。著名特级教师于漪说:“在课堂教学中要培养、激发学生的兴趣,首先应抓住导入新课的环节,一开始就把学生牢牢地吸引住。”导入
摘 要: 高职大专的教学目标是培养具有高尚职业道德和大专以上专业知识水平的创造型、实用型人才。本文主要采用文献法和实验法对高职大专英语语法教学的现状和教学案例中的重点语法进行了分析。  关键词: 高职大专 英语语法教学 教学案例    一、高职大专英语语法教学的现状分析    我国高职大专学院英语语法教学的效果差,主要原因是缺乏对语法教学的正确理解,因此英语语法教学的效率很低。这种状况直接导致学生
小学美术课由于受课堂时间的限制,评价这一环节往往时间比较短,以《花点心》为例,谈如何在课堂评价环节,巧妙创设情境,让学生对作品进行评价.并把课堂情境中的审美判断,生长
随着信息技术的发展,对各个行业都发生了翻天覆地的变化,将信息化运用于高职大学语文的课堂之中,能够丰富教学内容,提升大学语文教学的质量效果.同时将信息化和大学语文教学