随着资本市场的演进,股东同质化的假设被股东异质化的现实所推翻。类别股制度将股权下的财产性权利和控制性权利进行分离与重组,不仅满足了股东异质化的现实需求,还创新了公司的融资方式并且丰富了公司的融资途径,体现了公司法的私法自治原则,是我国公司法现代化演进不可缺少的一环。但是类别股制度也具有一定的弊端,它打破了公司内部原有的利益平衡状态,引发了多元且复杂的内部利益冲突格局,使公司内外部监督机制失灵,加剧了中小股东权益受损的情况。在类别股制度背景下,中小股东权益保护面临巨大挑战。因此,我们亟需对类别股制度背景下中小股东权益的保护机制进行深度研究。借助于委托代理成本理论和信义义务理论,对于类别股制度背景下的中小股东权益保护进行深入分析。鉴于委托代理成本是由委托人的监督费用、代理人的保证费用和剩余损失三项相加所得,故分析类别股制度下代理成本的变化,可以导出利益冲突的根源。基于信义义务理论,对类别股制度下的信义义务演变进行分析,为中小股东寻求利益冲突解决机制提供蓝本。域外发达国家在类别股制度上具有前沿性,拥有一系列利益冲突解决机制,可以较好地保护中小股东权益,包括信息披露规定、类别表决机制、日落条款规定、异议评估机制、集团诉讼制度等等,这些探索可以为我国今后完善类别股制度和保护中小股东权益提供有益的启发。未来,我国应从多维度去完善类别股制度背景下中小股东权益的保护机制。第一,对类别股制度下的信息披露规则进行全面规定,并对类别股相关风险进行特殊提示。第二,完善类别表决机制,分别从适用前提、适用范围、适用程序三个方面进行。第三,健全日落条款规定,分别从种类扩张、差别适用、惩罚机制三个方面进行。第四,引入异议评估机制,在触发事项和行使程序两个方面进行明确规定。第五,保障集团诉讼运行,分别从细化集团诉讼程序和引入胜诉酬金制度两个方面进行。