以东方儒家、佛教、印度教三个传统对心性、自然、天道及其关系的基本认定为基础,可以汇总、提取出圆融境界超越论(简称境界论)。此境界论强调在面对心性、自然、天道及其关系时要注意三个要点,即内在超越性、境界层次性、圆融互即性。内在超越性强调天道可以内在于人心,境界层次性强调人心相合于天道之不同程度会表现为不同的层次,低层次是不能理解高层次的,而自然、心性、天道也可以看成不同的层次,圆融性即是指天道、心性、自然、以及人类认识的各种层次境界实际上都是一体相通的。　　 在西方科学与宗教关系的研究中,自然神学、心身问题、神创还是进化是三个长期争论的、十分成熟的具体问题,其长期争论本身就表明它们都蕴含着极难解决的困境,其困境正来自于科学与基督教提供的不同的形而上世界图景之间的冲突。面对科学与基督教这两个西方最根本的意识形态之斗争,跳出其争论的西方背景而从境界论这个东方的新视角去看,当然可以期望获得更大的机会来给长期争论以新的启示,这种启示实际上也就是东方境界论对西方近现代科学与基督教之形而上冲突的一种回应。　　 就自然神学而言,近现代科学强调一个机械论的世界图景,自然神学可以看成对近现代科学之发展的一个适应,它强调从自然中去发现神,比如设计论认为自然之机械性正说明了存在一个上帝这样的设计师。但相当多的学者并不认可自然神学的路径,因为自然神学论证的“数学化”的上帝已否定了原来信仰中的启示等要素,而这种否定足以挑战传统基督教信仰的核心。在境界论看来,自然神学实质强调了一个自下而上抽象而来的、规律性的、“理”式的超越,未能认识、表现内涵丰富的、自上而下的、“道”式的超越,当然“道”式的超越也不是基督教之人格神式的信仰,人的超越在于不断扬弃既有层次的理性,而达于更高境界的新理性,从另一个角度来看也正可以看成是天道之下贯。　　 就心身问题而言,西方近现代科学突显的机械决定论强调物理世界的因果封闭性,这个世界在最终意义上只是大量基本粒子在物理规律之下的必然的机械运动,而心灵、意识、上帝等精神性存在至多只能看成是机械运动的一种随附性现象,实质上取消了精神性的真实存在。但基督教则强调上帝、灵魂等的真实存在,其存在之真实性的一个标志就是具有创造性的自由意志而不仅视之为随附于机械运动的第二位的属性。这就造成了西方心身问题的根本症结,即机械决定论与自由意志难以两全。境界论认为,看世界可以有不同的层级或视角,当从低层次之物理视角看世界时,即有机械论之成立,而精神意识是对应于机械运动的高层次的存在,自由正是高层次之精神通过下向因果力对低层次物质运动的引导,而人之自由正在于不断提升境界以认识到更高层次的必然。　　 就神创论与进化论之争而言,神创论强调人来源于上层的神故而人性中有神性的一面,但又因人之下降而使人性中有恶的一面,人生之意义则是向上提升复归于神,进化论则强调人是由下层的动物进化而来,故而人在本性上有动物性的一面,道德等也可以看成进化而来的更适于生存的功能而已。境界论认为并不存在一个他者式的、人格神的、一次性的创世行为,世界是一个长期的进化过程,此进化不仅是水平方向物质性身体的功能的进化,更重要的是垂直方向的精神进化。