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扬子鳄(Alligator sinensis)是我国特有的珍稀濒危野生动物，长期以来，由于环境恶化、栖息地丧失以及人类活动的影响，其野外种群的数量急剧下降，目前只有在安徽、浙江两省交界区域有所分布，种群数量已不足120条。为保护这一珍稀濒危物种的，我国政府已经采取了一系列措施。1972年将扬子鳄列为Ⅰ级重点保护野生动物，1978年、1982年和1979年相继建立了安徽宣州扬子鳄繁殖研究中心、扬子鳄自然保护区、浙江长兴扬子鳄自然繁育研究中心等机构。
为了保护扬子鳄的基因资源，本文以长兴扬子鳄自然繁育研究中心提供的血液样品为材料，以细菌人工染色体(BAC)为载体，成功建立了高质量的扬子鳄基因组BAC文库。以该文库为实验材料，构建了扬子鳄主要组织相容性复合体(MHC)Ⅱ类基因和嗅觉受体(OR)基因的克隆重叠群，既验证了该文库的有效性，又对文库进行了基础研究的应用。其主要研究结果如下：
1.以新鲜外周血为材料，利用pCC1BAC载体，成功构建了扬子鳄的基因组细菌人工染色体(BAC)文库。文库包含的216238个BAC克隆，保存于2254块96孔培养板上。经对随机挑取的150个BAC克隆进行电泳检测，计算出文库的平均插入片段为90kb，覆盖扬子鳄基因组约6.8倍(除去5.33％的空载体)。同时，从文库中获得任一单拷贝或多拷贝扬子鳄基因的概率为99.93％；
2.运用4D-PCR文库筛选技术，建立了扬子鳄基因组BAC文库的高效PCR筛选文库。该文库包括46个超级库和1564(46×34)个1D、2D、3D、4D超级亚库。任一引物或探针只需80个PCR反应，即可从BAC文库中筛选到所需的阳性BAC克隆；
3.用7对扬子鳄特异性PCR引物进行文库筛选，平均每对能够在文库中成功扩增到6.1个阳性克隆，表明了所建文库具有较高的覆盖率，并与文库覆盖率计算结果(6.8)基本达成一致。
4.基于MHCⅡ类以及OR基因的同源序列，成功设计了三对通用引物，并从扬子鳄基因组BAC文库中筛选到阳性BAC克隆的。
5.以这三对引物为基点，运用BAC质粒的末端测序和染色体步移，进行了一系列BAC文库阳性克隆的筛选，成功构建了两个克隆重叠群(contig)。
6.对OR基因克隆重叠群的9个BAC克隆进行测序，对所得数据进行分析，结果证明以上OR基因克隆重叠群的真实有效性，并对扬子鳄的OR基因进行了初步分析。