中小企业由于自身规模小,抗风险能力弱以及相关法律的缺位等原因,融资难的问题一直是其发展的瓶颈。而作为国家重点扶持的高新技术行业的中小企业虽然有相关的税收优惠政策,但融资难的问题仍然存在。随着2009年创业板开市以来,中小高新技术企业的融资有了新的渠道。由于股权融资在我国成本低,融集资金数量庞大,各中小高新技术企业为了解决融资难的问题都积极争取在创业板上市。因此,中小高新技术企业在上市前后融资结构差别很大,偏好不一。但是创业板上市企业的融资结构是否合理？融资效率是否理想？当前的融资结构与融资效率是否协调？这些问题关系到创业板乃至整个股票市场的融资效率。本文通过对创业板和主板企业2010-2012年的数据进行实证分析，分别研究创业板高新技术企业、主板传统民营企业及国有大中型企业的融资结构和融资效率，利用不同时间段和不同企业类别的对比，发现一方面创业板企业较其他类型的企业而言在融资结构上有明显的股权融资偏好，但其股权融资的效率却是各种融资方式中最低的；而另一方面，各类企业中融资效率较高的债权融资在融资结构中比例却并不高。结合相关的宏观及微观因素分析出存在股权融资成本低、风险小、我国金融体制不完善、资本市场不规范以及中小高新技术企业自身存在问题等原因，最终给出针对性的建议。