生物医药上市公司有高技术、高投入、长周期、高收益、高风险的特点。近年来,我国对生物医药行业给予了很大的政策支持,使其发展日新月异,同时,我国生物医药上市公司面临着巨大的竞争压力,并购作为上市公司实现可持续发展、资源优化配置的重要战略之一,已经成为我国生物医药上市公司整合优势资源、获取优质资本、促进产业结构调整、优化资源配置、走向国际化的必经之路。而衡量我国生物医药上市公司并购战略是否成功,主要在于并购行为完成后,是否实现了并购目标、促进资源的有效配置。本研究从权威数据库中获取了大量的我国生物医药类上市公司财务指标数据,以上海医药并购CHS为个案运用因子分析、统计学分析方法评价上海医药的短期并购绩效,并运用模型预测方法深入评价上海医药在并购完成后的3年内的并购绩效,在此基础上,对2010年到2012年三年内未发生过并购-被并购和仅在2011年发生过一次并购行为且交易金额占并购方资产比例不小于1%的我国生物医药上市公司的各指标及其综合指标做差异显著性检验,量化判定发生并购与未发生并购的上市公司绩效变化的差异,以期综合评价我国生物医药上市公司短期并购绩效。研究结果表明：上海医药短期并购绩效为负值且低于行业平均水平,主要的影响因素为管理、经营等成本的大幅度增加使得其总净利润大幅度下降,而通过并购CHS大幅度提高了上海医药的销售净利润、库存管理水平,由于CHS的一些管理经验,使得并购后的上海医药的短、长期偿债能力有所提升；我国生物医药行业并购绩效水平相对较高,净利润的增长比较理想,完成并购的生物医药上市公司在短期内主要存在的问题是销售盈利水平、库存管理水平和管理、经营成本的增加以及短期偿债能力的下降。