银杏(Ginkgo biloba L．)是银杏目现存的唯一植物，具极高的经济价值和科研价值。 本文共对44个银杏品种种子性状的11个性状指标进行了研究。结果表明，银杏种子(核)重量性状变异较大，形状性状则较为稳定。在品种内的变异量上，除种柄长外，重量性状变异量的最小值(单种重，12.95％)也显著大于形态性状的最大变异量(种宽，6.35％)。主成分分析与传统分类法所得出的品种分类结果差异较大。 利用RAPD和ISSR标记对这44个品种进行遗传多样性分析，所检测到的74条多态位点的平均有效等位基因数目为1.6343，平均基因多样度为0.3636，平均信息指数为0.5373。RAPD和ISSR的多态位点百分率分别为24.6％和17.2％。ISSR所揭示的银杏栽培群体的遗传多样性高于RAPD分析所得的结果，其所估算参数的标准差要低于RAPD所估算出的值。聚类分析表明，分子数据所揭示的栽培品种间的亲缘关系与以种子性状特征反映的亲缘关系不相吻合。 以95个大配子体为作图群体构建了银杏连锁图谱。共筛选出引物138对，其中RAPD引物131对，ISSR引物7对。共扩增出的分离位点有196个，有181个符合1：1分离比，其中164个位点被分配到12个连锁群上。整个连锁图谱的图距为1742.2cM，连锁图标记间的平均图距为10.82cM，最大的连锁群图距为261.2cM，最小的连锁群图距为62.4cM。并首次估计了银杏基因组的遗传图距，其大小为2200.73cM。 对l0个银杏样本的ITS区序列测定结果表明，银杏ITS区(含5.8S)总长为1224-1226bp，其中ITS1长度为821-823bp，5.8S长度为162bp，ITS2长度为241bp。共检测有28个可变位点，其中有6个信息位点。 应用最大简约法，并利用3个基因组的共8个基因序列(去除了编码基因密码子第3位点的转换信息)对18个植物分类群进行了系统发育树的构建研究。多基因综合分析表明，银杏与针叶植物的亲缘关系最为亲近，买麻藤为针叶类内起源，苏铁为裸子植物中最原始的类群。这一结果得到自举检验的强度支持。