由于目前我国知识产权保护体制还在进一步完善之中，高新技术企业往往面临诸多知识产权受到侵犯的风险，因而为了保证企业的知识成果能有效地转变为企业的核心竞争力，尽可能地利用知识创新占领市场，高新技术企业必须实现一套知识产权自我保护机制方能保证自身的可持续发展。
　　本文通过对高新技术企业知识产权自我保护过程中，企业与其竞争者、内部研发人员、政府监管机关的三者互动关系的分析，指出高新技术企业在知识产权自我保护机制构建过程中应当着重注意的，关系到知识产权自我保护机制成效的关键影响因素。通过动态的互动分析，本文指出高新技术企业在知识产权自我保护机制的构建过程中应当将有限的资源投入到增加企业潜在侵权者的侵权成本的保护措施上，并加大对自身知识产权研发创新活动的监控力度，从而迅速地对出现的知识产权侵权行为采取行动，减少自身的损失。基于这些分析，本文从知识产权自我保护机制的环境构建、监督机制设计、运作控制措施设计和信息系统规划方面对高新技术企业进行知识产权自我保护过程中所可以采用的构建措施进行了设计和分析，并以A信息公司作为案例模板，从实际的实践出发对高新技术企业的知识产权自我保护制度的构建提出一些切实可行的实施建议，从而为高新技术企业的知识产权保护水平的提升设计一个可行的方案，促进我国高新技术行业的知识产权保护机制的发展。