当前,世界各国尤其是发达国家越来越重视对知识产权的保护,甚至出现了过度保护。由此而引发的纠纷也逐步升级。《与贸易有关的知识产权协议》(TRIPS)的产生在一定的时空范围内有效解决了因知识产权而产生的法律纠纷,但由于其条款的宽泛性和解决争端途径的狭隘性,TRIPS中对药品专利权的保护和公共健康权利的冲突日益引起各国的关注。尽管世界贸易组织也通过了有关该议题的《多哈宣言》等文件,但是在协调二者冲突的措施上都有着一定程度的局限性,从理论到规则都存在着分歧。本文试从药品专利和公共健康冲突的起源入手,从而理清两者的关系,通过理论与现实结合的分析,揭示出问题的实质。在此基础上,从不同层面对二者之间平衡途径进行探索,同时结合该问题的国际发展状况,为我国保护药品专利权和公共健康权提出相应的对策和建议。为阐明药品专利保护和公共健康权的冲突与平衡这一命题,文章主要分为四个部分：第一部分是"TRIPS药品专利保护和公共健康权的冲突”。在该部分,笔者从药品专利保护的起源入手,结合公共健康权的理论分析,并分别从法理和经济两个不同层面进行了分析,得出TRIPS药品专利保护和公共健康权的冲突产生的根本原因是由于国家间高标准的利益保护。在第二部分,笔者分别从理论上和规则上进行了分析和论述。在理论上,笔者认为在一定程度上公共健康权相比要优先于药品专利权,而且均衡的协调有利于两种权利的相互促进保障。在具体规则上,笔者从TRIPS平衡药品专利保护和公共健康权的具体规则入手,结合争端解决的实践分别对TRIPS的目标和原则、强制许可、权利穷竭原则、专有权的例外等进行分析,指出TRIPS中的缺陷,论述了平衡两种权利的具体原则和途径。笔者在第三部分结合国际上关于协调药品专利权和公共健康权相关问题谈判的进展,论述了药品专利保护和公共健康权的平衡的国际发展现状、意义以及存在的问题和解决途径。并在此基础上在第四部分提出了我国的应对措施。一方面要深入研究世界形势发展的客观实际以及国际规则,积极参与国际规则的制定,同时对我国的相关法律制度进行相应的完善。另一方面要在不断加强对药品的科研及开发的同时,努力寻求国际组织及其他发展中国家的支持和帮助。