作为一种新的公司组织模式，关联企业能降低企业的交易成本和经营风险，提高企业的竞争力，促进经济的发展。但是，同时也引发了许多的问题，关联企业之间往往存在非常复杂的控制和影响关系，这种复杂的控制或影响关系为关联企业转移、隐匿资产提供空间。由于这种关联关系的存在，关联企业中企业破产的行为很容易产生虚假性和受控制性,其行为明显会有别于单体企业的破产，所以不应该使用规范一般企业破产的模式来规范关联企业。尤其是当多个关联企业成员共同破产时，由于关联债务、关联担保、资产混同等问题突出给企业破产清算带来很大的困难。当关联企业共同破产时是使用单独清算还是合并清算？这个问题在理论界和实务界都有讨论，关联企业虽然有其特殊性，但其成员企业仍是独立的法律实体，按照我国传统的理论和立法应该单独对破产的企业进行破产清算，但由于合并清算的优点，实践中已有法院进行试用并取得了不错的效果。对破产的关联企业进行合并清算是源于美国的实质合并原则理论，实质合并原则是美国通过判例得出的一项原则。它解决的是同时或在相近的时间内破产的关联企业的债权如何清偿的问题。它规定在一定的条件下可以将同时破产的关联企业的债权债务进行合并清算，以保障债权人的利益。实质合并可以解决关联企业间复杂的交易关系，以实现各债权人之间的实质公平，并提高司法效率。实质合并原则已经被许多国家引进，在我国也引起了许多学者讨论。司法实践中也已经有法院适用其进行破产清算，但是我国的法律对该问题还没有任何的规定，可以说理论和实践皆已存在，只是缺少法律规定。所以，笔者建议我国从立法上确立关联企业破产合并清算制度，以保障关联企业中各债权人合法权益的公平实现。除了绪论和结语外，本文共分为三个部分：第一部分介绍关联企业破产合并清算制度的适用主体，即关联企业。主要介绍关联企业的含义和特征以及关联企业在破产清算存在的问题，正是这些特征和问题才使得合并清算有其存在的必要。第二部分介绍关联企业破产合并清算制度的基本理论，包括关联企业破产合并清算的概念、理论学说、理论基础、及适用条件和适用原则，最后介绍了与关联企业破产合并清算相关的概念即揭开公司面纱和从属求偿原则的辨析及它们之间的关系。第三部分首先说明我国建立关联企业破产合并清算制度的必要性，然后提出关联企业破产合并清算制度的具体制度构建，包括三部分：合并清算的立法体例、合并清算的法律后果和合并清算的程序构建。程序的构建包括程序的启动，案件的管辖，破产管理人的选任，举证责任的分配及破产清算程序的终结。