本文对广西生产木薯食用淀粉及变性淀粉的大型企业的木薯变性淀粉车间环境以及各环节中的微生物进行检测。结果表明：木薯变性淀粉车间空气中细菌主要有四种类型,分别属于解淀粉欧文氏菌,乳杆菌属,黄杆菌属,假单胞菌属。其中优势菌是解淀粉欧文氏菌。各工艺段的微生物检测中,细菌在循环水和离心机粉工艺环节被大量检出,而高位槽中大量细菌的存在主要是由于循环水带菌所致。优势菌是乳酸菌属。在确定了木薯变性淀粉生产车间以及生产过程各环节主要污染细菌的数量以及属种之后,利用HACCP体系对淀粉生产过程中的微生物进行监控。首先对生产过程进行各环节菌落总数的危害进行了分析评估,确定了五个关键控制点：生产车间消毒、原料验收、原浆抑菌、稀释桶和高位槽、管道和浆桶杀菌,制定了相关的关键限制、监控程序和纠偏措施,从而为提高木薯变性淀粉生产过程中的质量和安全性提供保障。