基层医疗机构改革作为医药卫生体制改革的重要突破口，在实际改革中遇到的关键问题是补偿机制的问题。在基层医疗机构基本药物制度推行中，由于“零差率”销售基本药物，基层医疗机构药物收入亏损的部分就成为补偿机制最关键的部分，当前只有加快落实政府财政补助政策，才能保障基本药物制度可持续实施。所以，加快完善基层医疗机构补偿机制以维持基层医疗机构正常运营迫在眉睫。然而在推进新医改的四年中，虽然许多学者对其做了理论研究和实证研究，尝试和创新了完善补偿体系的方法，但没有起到很好的效果。因此，需及时研究完善新医改背景下基层医疗机构的补偿机制。　　论文首先采用文献研究法对国内外相关研究文献作了综述，阐述了与基层医疗机构补偿密切相关的理论，为后文的研究作理论基础;通过调查了解基本药物制度实施前后的基层医疗机构运行状况和其补偿机制的现状，以发现存在的问题并对问题进行原因分析，为进一步研究对策提供素材。　　其次，运用系统动力学理论和方法构建基层医疗机构补偿机制的系统动力学模型，进行系统检验和测试，并将所构建的系统动力学模型具体运用于镇江市基层医疗机构，通过补偿机制的模拟，发现目前补偿机制中存在的关键问题并提出改进方案;根据建立的基层医疗机构补偿机制系统动力学模型，以镇江市为案例进行模型仿真与分析，确保补偿可操作，并提出相关对策和建议，以完善基层医疗机构补偿机制，为基层医疗机构提供分析模型和参考标准。　　最后，在模拟基层医疗机构补偿机制的基础上进行归纳和演绎，提出完善基层医疗机构补偿机制的对策和建议，主要包括:(1)各级政府补助应做到按时足额补助;(2)建立合理的医疗服务价格体系;(3)建立和完善综合补偿机制;(4)推行基层医疗机构配套改革。