肺泡灌洗液宏基因组二代测序技术在肺部感染中的应用价值

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研究背景及目的:肺部感染是临床上最常见的感染性疾病之一。肺泡灌洗液是一种直接从病灶部位获取的病原体标本,敏感性高,且受污染的可能性较小,是帮助诊断肺部感染的可靠标本。宏基因组二代测序(metagenomics next generation sequencing,mNGS)技术近年来不断在临床上崭露头角,具有快速、准确、全面、无偏移的优点。因此本研究旨在通过回顾性分析肺泡灌洗液mNGS技术在临床肺部感染诊断中的应用,探讨肺泡灌洗液mNGS在肺部感染诊断中的应用价值。研究方法:本研究回顾性分析了2020年1月至2022年9月在浙江省人民医院单中心住院治疗拟诊肺部感染,并在住院期间行肺泡灌洗液mNGS检测的149例患者数据。以最后的临床诊断为金标准,分别计算灵敏度、特异度、一致性检验kappa值等指标,并绘制ROC曲线,以此来比较mNGS、传统检测方法、两者联合诊断的检测效能,并比较两者在肺部感染病原检出及诊断上的差异,以及其在不同分组中的检测效能。使用SPSS25.0软件统计分析数据,两种检测方法间检出情况的比较用配对卡方检验。结果:1.mNGS与传统检测方法病原体检测结果差异:mNGS拥有比传统检测方法更高的病原检测阳性率(88.60%>60.40%,P<0.05),检出的病原体种类与数量均明显高于传统检测,尤其是临床上少见和难以培养的病原体。mNGS对细菌检测阳性率高于传统检测方法(67.11%vs 38.26%,P<0.05),对真菌检测阳性率低于传统检测(20.81%vs 30.20%,P<0.05)。mNGS在单双侧肺部病变组(97.83%vs 56.52%、84.47%vs 62.14%)、合并基础疾病组(88.64%vs 60.61%)及存在免疫抑制组(100%vs 52.63%)中的检测阳性率均高于同组传统检测(P<0.05),另外mNGS在单侧肺部病变组较双侧肺部病变组拥有更高的检测阳性率(97.83%vs84.47%,P<0.05)。2.mNGS与传统检测对致病病原体的检测结果比较:mNGS致病病原体检出率高于传统检测技术(79.19%>49.66%,P<0.001),但两者一致性较差(Kappa=0.037,P>0.05)。3.mNGS、传统检测方法及两者联合诊断的检测效能:mNGS的诊断灵敏度、特异度及Kappa值均较高,并具有最大的约登指数与ROC曲线下面积。mNGS、传统检测方法、联合诊断的灵敏度依次为:95.56%、64.44%、98.52%;特异度依次为:78.57%、78.57%、71.43%;约登指数依次为:0.74、0.43、0.70;ROC曲线下面积依次为:0.871、0.715、0.850;Kappa值依次为:0.676、0.176、0.747。4.mNGS与传统检测方法对混合感染的检出结果:mNGS在检测混合感染方面优于传统检测(P<0.05)。检出混合感染类型排名前三的依次是细菌-细菌混合感染21例、细菌-真菌混合感染10例、细菌-病毒混合感染6例。5.检测前抗生素使用史对检测结果的影响:mNGS在有无抗生素使用史分组中均具有较高的检出率(96.49%vs 90.48%,P>0.05),两组间检出率差异无统计学意义。结论:1.相对于传统病原体检测方法,mNGS拥有更高的病原体及致病病原体检出率,可以检出更多的病原体种类及数量,尤其是少见或难以培养的病原体。2.mNGS比传统检测拥有更好的检测效能,联合诊断可使其灵敏度进一步提高,是传统病原学检测方法的有效补充。3.mNGS拥有更高的混合感染检出率,最常见的混合感染类型是细菌-细菌混合感染,其次是细菌-真菌混合感染与细菌-病毒混合感染。4.mNGS检测结果不受检测前抗生素使用史的影响。
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