当今的国际形势下,加强对知识产权的保护已是大势所趋,海关是国际贸易中保护知识产权的重要环节,但我国现行的知识产权海关保护体系无论在立法还是执法上均存在一些疏漏和缺陷。作为我国新时期改革开放的桥头堡,自贸试验区大大拓展和深化了国际贸易的自由度,但随之而来的知识产权风险也不容忽视。自贸试验区海关既要通过创新监管体制,以解决知识产权海关保护在立法、执法上现存的不足之处;又要“摸着石头过河”,以应对自贸试验区带来的特殊的知识产权海关保护难题,这对我国一般性的知识产权海关保护体系的完善也具有重要的参考意义。目前,自贸试验区海关在坚决执行“一线放开、二线管住”国家政策的前提下,采取与区内知识产区局建立协作机制、对通关便利化不断创新完善,同时中央政府、自贸试验区所在地政府和海关总署在立法上加以协调、跟进,使区内知识产权海关保护成果显著,在一定程度上解决了传统知识产权海关保护的短板,也促进了区内贸易便利化的发展。然而,自贸试验区中的知识产权海关保护依旧面临诸多挑战,存在着立法不协调、知识产权地域性冲突、跨境电商知识产权纠纷、海关监管模式弱化、过境货物知识产权边境措施争议等问题,如果不能妥善解决,将会对我国自由贸易试验区的发展、乃至国际经济交往的大局产生较大的负面影响,因此在立足本国实际的前提下、辩证的学习和接受国际经验是十分必要的。无论是美国、欧盟、新加坡、中国香港的实践经验,还是TRIPS协议、TPP、ACTA等国际条约,对于我国都有十分丰富的启示意义。为了自贸试验区内的海关更好的保护知识产权,首先必须要完善现有的知识产权法律法规,依靠立法为知识产权海关执法保驾护航,建立符合自贸试验区要求的法制体系;其次要探索建立区内货物分类监管制度,以应对地域性挑战;在面对过境货物时,应灵活应对,宽严结合,合理执法;最后海关要紧跟时代脚步,与时俱进,积极应对涌现新型知识产权纠纷,掌握主动权,这样才能确保自贸试验区知识产权海关保护的良好发展。