两岸贸易发展已有多年的历史，长久以来台湾对大陆的总体贸易呈现贸易顺差，但是在农产品贸易上呈现逆差;2008年金融危机后大陆农产品出口面临到许多贸易保护壁垒，对大陆农产品出口造成极大的损失。而面对未来两岸农产品贸易将可能有更多不确定的挑战需要面对，从长远来看，挖掘双方农业方面的比较优势和互补性，已达到拓展两岸农业交流领域，扩大农产品贸易规模。　　 所以本文首先综述两岸农产品竞争或互补性的研究文献;然后探讨两岸农产品贸易现况，从2002年至2011年十年期间的统计数据变化作分析;接着从贸易竞争的观点分析，第一步先以比较优势指数分析两岸农业是否具有竞争力，经计算大陆农业竞争力逐年下滑;第二步分析两岸农产品具有竞争力的农产品以价格贸易条件和显示性比较优势指数来计算，得出大陆在其他动物产品和肉及其他水生无椎动物的制品上具有竞争力;而台湾则是在鱼及其他水生动物和其他动物产品上具有竞争优势;第三步分析两岸农产品的竞争性，大陆农产品多数具有竞争性;第四步分析互补性，计算中发现两岸农业呈现互补状态。此外透过波特的钻石模型分析两岸农业及农产品贸易的竞争优势。最后根据前面的分析提出建议，认为两岸在近几年密切的贸易往来之下，以及贸易自由化的驱使下两岸应采取农业产业合作，藉由学习对方之优点及提供自身的资源来创造两岸农业经济效益的最大化，降低贸易自由化所造成的经济冲击。