2016年初,中央1号文件强调,要“加强农业转基因技术研发和监管,在确保安全的基础上慎重推广”,“十三五”规划首次为转基因技术产业化设定了“时间表”。转基因技术自20世纪60、70年代诞生以来,至今已经取得了一定的发展和应用,但关于转基因的争议从未停歇。转基因食品是否安全?转基因作物的种植对环境会不会造成威胁?公众对于转基因一直存在这样的质疑。新闻媒体,作为人们获取信息的主要途径,潜移默化地影响着公众对转基因的认知,对于转基因议题的建构和传播有着举足轻重的作用。在互联网时代,网络成为信息传播的重要载体,新媒体和自媒体的先后崛起,为转基因议题的传播带来了新的机遇和挑战。在互联网的冲击下,媒体构建了怎样的转基因形象?新媒体和自媒体在转基因议题传播中存在怎样的差异?面临怎样的传播困境?是学界亟待探讨的问题。本文选取新浪网和果壳网为研究对象,运用内容分析法和对比研究法,从报道数量、消息来源、报道体裁、报道内容等7个方面,对两家媒体在2014-2016年期间转基因报道的现状进行了分析。在此基础之上,本文对新浪网和果壳网转基因议题报道的差异进行了探究,并试图从媒体性质、媒体定位和新闻传播者三个角度,对产生差异的原因进行解读,最后针对互联网时代我国媒体转基因报道的困境,进一步提出应对策略。研究结果表明,新浪网和果壳网转基因议题的报道差异表现在以下几个方面:在报道数量上,新浪网是果壳网的近12倍;在报道主题上,新浪网侧重于报道政府相关政策条例和态度,果壳网注重转基因技术的报道;两份媒体对于区域性转基因事件报道数量差距悬殊;新浪网的报道形式更加多元;果壳网对转基因热点事件的关注度远低于新浪网;新浪网转基因报道同质化现象严重;果壳网的报道在专业性和传达观点方面优于新浪网。本文还从新媒体与自媒体、大众媒体与专业媒体两个维度入手,对形成新浪网和果壳网转基因报道差异的原因进行了分析,认为两份媒体在媒体性质、媒体定位和传播者三个方面的不同导致了其报道存在差异。本文通过对上述研究结果的分析,认为在互联网时代,媒体对转基因议题的报道存在诸多困境:报道失衡,公众话语权缺失;文本表现形式单一;媒体缺位,转基因科普率较低。针对以上传播困境,笔者提出了可供参考的创新路径:正确议程设置,践行平衡报道;提升报道人文情怀,加强报道完整性;优化科学传播机制,增强科普报道力度;保证编辑团队新闻专业主义和科学素养并行发展。