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小反刍兽疫(Peste des Petits Ruminants, PPR)由副粘病毒科麻疹病毒属的小反刍兽疫病毒(Peste des Petits Ruminants virus, PPRV)引起,以发热,眼、鼻有大量浆性分泌物、溃疡和坏死性口腔炎,胃炎,腹泻和肺炎为特征。2007年7月,我国西藏自治区阿里地区日土县发生PPR疫情,这是我国首次发生PPR,死亡262只山羊和绵羊。作为一种OIE法定报告的动物疾病,PPR严重威胁着我国的动物卫生安全和我国畜牧业的发展,是需要采取严厉的强制预防,控制和扑灭的动物疫病之一。本研究建立了检测PPRV的快速、特异的基于Taqman的一步法实时定量RT-PCR方法,以期快速检测PPRV,并对PPRV F基因的分子生物学特性进行了初步研究。通过对GenBank已公布的印度,土耳其和尼日利亚等国家发表的PPRV F基因序列进行序列比较分析,设计了一对特异性引物和一条Taqman探针。利用这对引物和探针对PPRV荧光定量RT-PCR检测体系进行了优化。优化后的条件能扩增出标准的阳性曲线。针对类似检测方法中阳性标准品与实际检测的样品有一定差异而导致定量不准确等问题,本研究设计了体外转录法制备标准品的方法。在荧光定量RT-PCR正向引物的5′端加上T7启动子后与反向引物扩增PPRV毒株Nigeria 75/1细胞培养液RNA,切胶回收目的条带作为体外转录的模板,体外转录后测RNA浓度以及OD值。体外转录的RNA经过10倍梯度稀释后即为建立该方法的cRNA标准品。试验结果表明,此标准品具有良好的线性范围,并具有良好的稳定性,在-80℃保存半年后无显著变化。以4.9×103～4.9×108 copies/μl标准品为模板,利用本研究中设计的引物和探针进行荧光定量RT-PCR反应,建立了标准曲线,标准曲线的相关系数为0.9997。本方法具有高度灵敏性,最低可检测到490 copies/μl的RNA模板。组内和组间重复的变异系数分别为0.13%~0.5%和0.44%~1.71%。对来自不同疫源地的PPRV RNA样本进行检测,都获得了特异性扩增,但是,不与牛瘟病毒发生交叉反应。用该方法和普通RT-PCR同时检测病料的组织RNA,该方法比普通RT-PCR的灵敏度高100倍。从西藏PPR疫区采取的羊的各脏器和血液中提取总RNA,用该荧光定量RT-PCR方法进行检测,同时用已经建立的针对N基因的荧光定量RT-PCR、针对N基因的普通RT-PCR、针对F基因的普通RT-PCR进行检测。检测结果表明,两种荧光定量RT-PCR检出率相当,而这两种方法比针对N基因和F基因的普通RT-PCR阳性检出率都要高。对我国西藏PPRV China/Tib/Gej/07-30进行F基因序列测定,并进行分子生物学特征分析。首先应用RT-PCR扩增出F基因片段,对RT-PCR产物进行直接测序,然后对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析。我国西藏PPRV China/Tib/Gej/07-30的F基因由2 411个核苷酸组成,编码546个氨基酸,与其他分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为85.5-96.1%和94.3-98.2%。PPRV China/Tib/Gej/07-30 F蛋白含有信号肽结构域和跨膜结构域,序列高度变异。F蛋白104-108位和109-133位氨基酸位点分别是高度保守的裂解位点和融合肽结构域。F蛋白还含有三个七肽重复区,序列高度保守。China/Tib/Gej/07-30的F基因5’ UTR区长度为634个核苷酸,GC含量高达70.0%,与其他PPRV毒株序列相似性为76.2-91.7%。