县域经济是国民经济的基本单元，是区域经济最基本、最基层的环节，县域经济的发展关系着整个国民经济的发展。基于各自的地理区位、气候条件、资源禀赋、人文历史、风俗习惯等自然禀赋和社会禀赋的不同，使得县域经济的发展极具地域差异性。重庆三峡库区是一个因长江三峡水库的兴建而形成的特殊区域，它既是长江上游经济地带的重要组成部分，又是我国极为重要的敏感生态经济区，故而库区的县域经济发展面临着经济发展和生态重建的双重任务。因此，研究重庆三峡库区县域经济的差异化发展既是拓展区域经济学新思维的需要，又是提升县域经济竞争力，推动工业化、城镇化，解决“三农”问题，实现统筹发展的需要。通过对影响重庆库区县域经济差异化发展的因素进行分析发现，库区丰富的自然-人文资源、良好的经济社会发展基础以及国家宏观环境和外部的支持是库区差异化发展的推动因素，而库区生态、产业结构、市场体系和经济发展水平则是其发展的制约因素；再运用因子分析法对库区县域经济差异化发展水平进行评价，结果表明重庆三峡库区各县域工农业的发展极不平衡，发展具有极大的差异性，尤其是处于重庆三峡库区两翼的各区县，由于受三峡工程建设影响较大，地域差异较明显，整体处于较落后的状态。综合规范分析和实证分析思考库区差异化发展的决定性因子、支撑性因子和潜力性因子，并进一步从产业发展及县域城镇功能完善方面提出了县域经济差异化发展的对策建议。本文的创新点在于，基于三峡库区县域经济客观发展上的差异化，从县域经济的“主体”地位出发来选择县域经济差异化发展的措施；同时，在分析县域经济主体差异化发展水平时，采用因子分析科学地评价了库区县域的经济发展水平，进而在库区差异化的对策建议提出上更有针对性。但是，在选择度量的数理模型和评价体系的建立问题上需要进一步的突破。