江淮流域悠久的历史、古老的文明和生态环境共同孵育了许多优良独特的地方水禽品种。本研究利用微卫星和线粒体两种不同的标记方法对位于我国江淮流域的高邮鸭、巢湖鸭、淮南麻鸭、沔阳麻鸭、荆江麻鸭、恩施麻鸭、微山麻鸭和攸县麻鸭8个家鸭品种的群体遗传结构特性、动物地理学、起源及系统进化进行了分析研究,为开展遗传质量监测和控制以及对我国家鸭品种资源的保护和利用提供依据。同时对位于江苏省里下河地区的高邮鸭产蛋性状进行了研究。1.筛选出28对多态性较好的微卫星标记,检测了江淮流域8个家鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离,采用邻接法和非加权组对算术平均法构建了聚类图,并进行了系统发生分析。结果表明:28个微卫星座位在我国家鸭群体中的多态信息含量大多为高度多态(26个),可以作为有效的遗传标记用于遗传多样性分析;江淮流域8个家鸭品种杂合度相差不大(0.551～0.606),以微山麻鸭的杂合度最高(0.606),其次为恩施麻鸭、荆江麻鸭和沔阳麻鸭,而攸县麻鸭的杂合度最低(0.551)。8个家鸭品种平均多态信息含量为0.481~0.524。其中恩施麻鸭最高为0.524,攸县麻鸭最低为(0.481)。结果提示,位于长江中游湖北省境内的3个家鸭品种在所研究的8个品种中遗传多样性较丰富,攸县麻鸭在8个品种中多样性最低。两种聚类方法区别不大,8个家鸭品种被聚为两大类,一大类是湖北3个家鸭品种(蛋用)首先聚类然后再与地理位置邻近的巢湖麻鸭(蛋肉兼用型)聚为一类;另外一大类是地理位置相近的微山麻鸭(蛋用型)、淮南麻鸭(蛋用型)聚类后和攸县麻鸭(蛋用型)聚为一类,最后才与高邮鸭(蛋肉兼用型)聚类。8个家鸭品种的聚类关系与品种的地理分布、育成史以及经济类型是一致的。三种遗传距离两种聚类方法得到的六种聚类结果基本一致。8个家鸭种品种之间存在显著的遗传分化,微卫星标记显示25%的遗传变异来自于品种之间的差异,江淮流域8个家鸭种群体内的个体固定系数(FIS)均值为-0.434,经检验近交程度不显著。2.利用DNA测序技术测定了位于我国中东部地区的9个家鸭品种106个个体DNA控制区多变序列,检测到34个变异位点,约占分析位点总数的5.1%,有转换、颠换、插入/缺失4种类型的变异。确定了31种单倍型,其中单倍型A7为家鸭的主体单倍型。9个家鸭品种单倍型多样度(Hd)平均为0.798,核苷酸多样度(Pi)平均为0.28%,家鸭品种单倍型多样度在荆江麻鸭中最高,在文登黑鸭中最低。对检测出的31个单倍型的分析表明:长江中游地区的家鸭品种遗传多样性高于东部地区的家鸭品种。品种之间基因流同地理距离之间呈弱负相关。各单倍型在最大简约树中的分布和实际地理分布无显著关系,各地理单元的单倍型都相互散布在不同的分布群中,呈现一种混杂的分布格局。家鸭单倍型序列的系统发生分析表明,这9个品种的家鸭只有1个母系起源,没有发现东亚斑嘴鸭对这9个家鸭品种起源有贡献的证据。3.通过对两种不同方法的比较发现,两种方法在用于遗传距离的研究中虽然绝对值不同,但是品种之间的距离关系相似或者相近;而在遗传变异结果上的差异可能与两种方法的性质和目的有关。4.高邮鸭双黄蛋性状是人工高强度选择与自然淘汰平衡的结果。本研究首次应用了群体遗传学的原理对在特定人文环境和自然地理情况下高邮鸭的双黄蛋性状进行了适应度分析。2000至2003年3年间在特定人文环境和自然地理情况下高邮鸭双黄蛋在人工选择下获得的适应度优势相当于正常蛋的8.23倍,显示出高强度的人工选择。5.催乳素(prolactin, PRL)基因内含子1存在两个Dra I酶切位点,首次发现我国家鸭在内含子1其中1个位点具有Dra I多态性。该位点由于在1 326位点发生了T→C的碱基突变。93只试验高邮鸭催乳素BB基因型个体30周龄蛋重极显著高于AB基因型个体(P<0.01);AB基因型个体的双黄率显著高于BB基因型个体(P<0.05);三种基因型间产蛋数、最长连产天数和开产体重未观察到显著差异。