随着经济全球化进程加快、国际竞争日益激烈,国家自主创新能力在推动经济增长、保障国家安全、促进社会进步等方面的作用越来越突出,我国也适时提出建设创新型国家,将自主创新上升到国家战略层面。区域创新体系是国家创新体系在区域层次的延伸和体现,推动区域创新体系的构建,将有利于国家创新战略的实现。然而我国区域创新体系的构建却面临诸多挑战,尤其是在区域创新主体间存在着协同与转换困难。国内外科技园区发展经验表明,区域创新发展程度与主体间协同效果有着直接关系,因此,研究区域创新主体协同的原理、过程、结果等,对推动区域的创新发展具有重要的理论和现实意义。本文首先阐述了区域创新体系理论基础：按照理论学派发展脉络,界定了区域创新三大主体及其主导者,梳理了区域创新体系与区域经济理论、创新经济学、创新系统论的溯源关系,并以此为依据构建了区域创新体系、区域创新主体协同的理论框架。其次着重诠释了区域创新主体协同的原理、过程、结果：原理方面,界定了主体功能定位,划分了主体协同的类型与方式,运用耗散结构理论定量解释了区域创新体系生命演化原理,并将区域创新发展阶段划分为初创期、成长期、成熟期、升级期,归纳出其要素聚集、产业主导、创新驱动、机制改革的四阶段功能需求,在此基础上,构建了区域创新主体与阶段间的功能耦合模型；过程方面,利用博弈演化理论,构建了区域创新主体协同演化过程模型,分析了企业、政府、院所在四个阶段的协同博弈关系,归纳出维持协同关系所需的主体行为；结果方面,以统计年鉴数据为依据,选取投入产出指标,利用DEA方法,得到了我国30个省份创新主体协同的纯技术效率、规模效率、综合效率及其优化结果。最后探讨了保障区域创新主体协同所需的路径与机制：路径方面,采取实体联盟和虚拟联盟两种形式,经历从松散、密切合作到全面协同的组织演化路径,遵循接触／沟通、竞争／冲突、合作、整合、协同五阶段的过程演化路径,形成以产品创新、产业创新、环境创新为主的目标导向路径；机制方面,形成聚力、借力、避力的动力机制,要素整合、主体转换、产出导向、循环反馈的运行机制,分工协调、利益分配、资源共享、风险控制的管理机制。