表面等离子体共振技术作为近年来一种新兴的技术,在生物医学、食品安全检测及化学领域得到广泛的研究与应用。尤其是光纤表面等离子体共振传感器,因其具备所需样品少、无须标记、体积小、多参量传感、便于集成阵列化、适合遥测等一系列优点,成为新的研究热点。本文以光纤表面等离子体共振传感系统的研制及其在蛋白质特异性识别中的应用为主要内容,具体进行了一下的研究工作。首先,以光纤表面等离子体共振传感理论模型为基础,对影响传感器性能的参数进行模拟仿真,优化传感系统性能,所设计制作的光纤传感器工作波长在可见光范围内,灵敏度为10-5RIU；其次,基于理论分析的结果,设计制作光纤传感器,同时完成光纤表面等离子共振传感系统的搭建,包括光源、自制跳线、光谱仪、蠕动泵等；随后,为提高传感信号解调精度与稳定性,创建了基于虚拟仪器开发平台的Labview处理分析软件系统,该系统能够完成从数据采集、分析、实时显示、存储等一系列操作,并分别成功应用于棱镜传感系统与光纤传感系统的实验研究,即证明了系统软件的可行性；实验研究主要包括对蔗糖溶液、磷酸盐缓冲液等的折射率传感检测以及对蛋白质分子特异性识别的生化实验研究,结果表明所设计的光纤传感系统具有良好的响应曲线,折射率和共振波长之间在所测量的折射率范围内有较好的线性关系,并且设计制作的传感器可成功对生化实验做出实时在线检测,尤其是对分子动力学过程检测；最后,为提高传感性能、实现多参量及自补偿测量,提出了基于金、银两种贵金属薄膜厚度调制与交替金属层的双通道光纤表面等离子体共振传感器,通过相应的理论研究,将双通道传感器成功用于温度、折射率双参量测试,使其具备自补偿能力。本论文对光纤表面等离子体共振传感系统理论与实验研究,对于课题组进行传感系统的改进与实用化奠定了良好基础。