近年来,随着传统农业向规模化、产业化的现代农业转变,在广大农村地区以温室大棚为代表的设施农业得到了快速健康发展。然而在一些地区人们受经济利益的驱使,假借发展设施农业之名,非法占用大量农用地建设“大棚房”“生态园”“休闲庄园”等现象十分严重,造成农用地资源遭到大规模破坏,对土地保护造成极大威胁,严重侵害农民权益和农业农村的可持续发展,在社会上造成恶劣影响。在非法占用农用地犯罪问题日益突出的今天,保护农用地资源的任务显得更加艰巨和紧迫。为此笔者就非法占用农用地罪在司法实践中暴露的问题进行思考和探究。本文主要运用实证研究的方法,以2015-2019年河南省非法占用农用地罪案例为样本,通过对样本的统计与分析,主要对司法实践中暴露的以下三个问题进行原因剖析:一、破坏程度鉴定问题;二、非法占用农用地罪量刑不均衡问题;三、刑事附带民事公益诉讼问题。针对问题剖析提出以下相应的完善对策和路径:一、统一鉴定主体及标准、鼓励地方立法先行、完善鉴定意见的行刑衔接;二、规范量刑标准、合理配置法定刑、明确罚金幅度、加强对罚金适用的检察监督;三、完善刑事附带民事公益诉讼相关法律、简化解决生态修复费用评估、强化生态修复的保障监督。以实现对非法占用农用地罪的刑事治理手段的精准运用,做到罪刑法定和罪责相适应,实现对非法占用农用地行为的优化治理,以期达到更好的保护农用地的目的。