本研究选用 20 个微卫星标记,采用 PCR-非变性 PAGE 方法对国外著名的肉用山羊品种波尔山羊、山东地方山羊品种鲁北白山羊以及波鲁杂交一代、杂交二代这四个群体进行了遗传结构分析,通过计算不同群体的优势等位基因和特有等位基因频率、不同位点的多态信息含量、遗传杂合度、有效等位基因数以及对群体的哈代-温伯格平衡测试和聚类分析,分析了群体内和群体间的遗传变异。结果表明: 20 个微卫星标记中有 14 个表现高度多态,PIC>0.5;各标记位点的多态信息含量(PIC)普遍较高,在四个群体中差别不大。 不同群体检测到其特异的优势等位基因和特有等位基因。共检测到波尔山羊特有基因 5 个,鲁北白山羊特有基因 33 个。特有的等位基因其基因频率分布一般较低,用于个体种质鉴定的准确性不大,但这些基因可以作为种群特征用于群体间遗传结构的鉴别。 同一标记在不同群体中的等位基因数不完全相同,四个群体的平均等位基因数大于四个(4.5556～6.0000),说明本研究选择的微卫星标记可以作为山羊群体遗传结构研究的多态性分子标记。 各群体遗传结构分析表明,杂交一代 BL1 的平均杂合度最高,具有最大杂种优势。从群体间遗传变异看,级进杂交后的杂交后代与波尔山羊具有更大的遗传一致性,杂交一代和二代间差异更小,有望通过杂交后横交方式培育出具有双亲优良性状的新品种。