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凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）以其适应能力强、生长速度快、抗逆性强等优势,现已成为目前世界上养殖产量最高的对虾品种。我国凡纳滨对虾苗种主要来源于进口亲虾（SIS、PRIMO、正大等）、国内自主选育新品种及二、三代自繁苗种,遗传背景比较复杂。同时,凡纳滨对虾养殖受多种病原(如IHHNV、TSV、VPAHPND、YHV、IMNV、WSSV等)影响,其中WSSV依然是危害最大的病原之一,其发病快,死亡率高,极大制约着凡纳滨对虾养殖业的发展。结合目前国内凡纳滨对虾的养殖现状,本文以凡纳滨对虾引进群体及国内不同商业品牌苗种为研究材料,利用微卫星分子标记进行家系亲权鉴定、遗传多样性分析及抗WSSV性能差异分析,以期为凡纳滨对虾优良品种选育工作提供基础参考数据。本研究取得的主要结果如下:1.基于SSR标记的凡纳滨对虾家系亲权鉴定以凡纳滨引进群体构建的36个家系子代与母本（共计396尾）为实验材料,建立直接扩增PCR技术进行微卫星分型,并进行家系亲权鉴定。结果显示,8个微卫星位点总等位基因数为108个,平均每个位点等位基因数为13.5个;平均PIC值为0.706,平均观测杂合度（HO）为0.657,平均期望杂合度（He）为0.731;第一亲本累积排除率达99.49%,第二亲本累积排除率达99.98%,双亲累积排除率为99.99%;模拟母本配对率为94.40%,36个家系360尾子代个体,配对成功的为308尾,实际母本配对率为85.56%,平均每个家系的10尾子代个体与候选母本配对成功个数为8.56个。结果表明,8个微卫星位点具有较好的鉴定效率,直接扩增PCR技术可初步应用于凡纳滨对虾家系鉴定中,为凡纳滨对虾家系选育研究提供参考。2.国内商业品牌凡纳滨对虾苗种遗传多样性分析以国内6个商业品牌凡纳滨对虾群体（共计180尾个体）为研究对象,利用8对微卫星引物进行了遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,8个微卫星位点的观测杂合度（HO）平均为0.486;期望杂合度（He）平均为0.745;87.5%（7/8）的位点平均多态信息含量（PIC）都在0.5以上;5个（62.5%）位点显著偏离哈-温平衡（P<0.05）;分子变异方差分析（AMOVA）发现,仅有12%的遗传变异来自于品牌间,24%来自于品牌内个体间,其余64%的变异均来自于品牌内部;根据所得Fst值分析,26.67%两两品牌间无分化,而73.33%两两品牌间出现中等程度分化;从UPGM A聚类图中可以看出,6个品牌的凡纳滨对虾聚为两个明显的分支:广州P和广州Z聚为一支,东营M、黄骅R、海南Z、海南S聚为另一支。综合实验数据,各品牌遗传多样性丰富程度从高到低分别为:黄骅R>广州Z>广州P>海南Z>东营M>海南S。本实验结果分析了当前国内部分商业苗种的遗传背景,研究结果可为凡纳滨对虾基础群体的构建提供基础数据。3.不同凡纳滨对虾商业苗种对白斑综合征病毒（WSSV）的抗性比较及抗WSSV相关SSR位点初步研究本实验以国内6个商业品牌凡纳滨对虾（1409尾）为材料,对其进行了人工单尾、定量饲喂WSSV感染及同池测试,比较各个品牌凡纳滨对虾抗WSSV能力,并且将研究结果与第二部分研究结果进行比较,分析遗传多样性与抗病力强弱的关系;同时,对实验中存活时间差异显著的个体进行微卫星标记关联分析,以期初步获得抗WSSV相关SSR位点。实验结果显示:在WSSV感染测试实验中,广州P品牌凡纳滨对虾存活时间最长,极显著高于其他品牌;相同时间内,其累积死亡率最低,死亡分布多集中于实验的中后期,且在实验结束后依旧有26尾对虾存活;其余各品牌对虾在实验期内全部死亡;东营M品牌与其他品牌间的实验结果对比中存在明显的差距,其呈现出的抗病能力最弱;其他四个品牌对虾对抗WSSV抗性差异不显著。抗WSSV能力各品牌对虾由强到弱排列为:广州P>黄骅R>广州Z>海南Z>海南S>东营M,通过对比第二部分实验结果,可以看出遗传多样性丰富的凡纳滨对虾具有更好的抗病性能;8个微卫星位点中有5个位点与抗WSSV能力存在中度关联,关联的等位基因分别为:TuMXLv7.56-332、TuMXLv9.90-292、TuMXLv7.121-243、Lv12-127和M1103-388,本实验并没有获得与抗病性高度关联的微卫星位点,后续将继续开展实验,挖掘与抗病性高度相关的微卫星位点,辅助凡纳滨对虾抗WSSV选育。