异蚤蝇属Megaselia隶属于双翅目Diptera,蚤蝇总科Phoroidea,蚤蝇科Phoridae,裂蚤蝇亚科Metopininae,是双翅目蚤蝇科的第一大属,世界已知1500余种。由于异蚤蝇属是蚤蝇科中种类最丰富、数量最多的类群之一,所以该属的蚤蝇在传统分类学上存在较大问题。国内外对异蚤蝇属昆虫的研究主要集中在形态分类等方面,本研究以线粒体基因12S rDNA和COI为分子标记,对中国异蚤蝇属部分种类的系统发育关系进行重建,为异蚤蝇属系统学研究提供分子依据。通过对实验结果的分析讨论,得到如下结论：1.异蚤蝇属14种昆虫12S rRNA基因335bp的序列中,A+T的平均含量为79.8%,具有明显的A、T偏好性。异蚤蝇属8种昆虫COI基因760bp的序列中,A+T的平均含量为68.8%,具有明显的A、T偏好性。COI基因760bp序列共编码20种氨基酸,在所含有的20种氨基酸中丝氨酸的含量最高,其次是天冬酰胺和赖氨酸。2.基于异蚤蝇属14种昆虫12S rRNA基因部分序列,8种昆虫COI和12S rRNA+COI基因部分序列种间的未校正遗传距离分析,变异范围分别在0.015-0.115、0.103-0.161、0.085-0.142。同源范围分别在0.885-0.985、0.839-0.879、0.858-0.915,说明它们的同源性很高。3.基于12S rRNA、COI和12S rRNA+COI部分基因序列间的转换和颠换数与p距离之间总体上呈线性关系,未出现饱和态势,数据有较强的系统发育信号。4.基于12S rRNA基因所构建的系统发育树支持率不是很高,但对于COI、12S rRNA+COI基因所构建的系统发育树结果比较理想并且差异较小,与形态学的结果也较为一致,外群从树的根部与异蚤蝇属昆虫完全分离开,在形态学上关系密切的物种也优先聚在一起：狭喙异蚤蝇与离散异蚤蝇聚为一支；长毛异蚤蝇与红足异蚤蝇聚为一支；黑角异蚤蝇与黄色异蚤蝇聚为一支；列鬃异蚤蝇与膨角异蚤蝇聚为一支；研究结果可以为一些在分组上不确定的物种（如黑角异蚤蝇、红足异蚤蝇和狭喙异蚤蝇）提供分子方面的依据,但东亚异蚤蝇和邻近异蚤蝇的进化地位还需要进一步研究。5.通过本研究可以看出,COI基因在中国异蚤蝇属昆虫的系统学研究中可以作为有效的分子标记。