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在长江渔业资源衰退背景下,增殖放流基于传统鱼类保育方法成为长江生态补偿的主要技术手段,是修复长江水域生态和维护长江水生生物多样性的重要措施。2016-2018年,长江下游江苏段多次实施大规模四大家鱼的增殖放流,放流点位繁多,增殖放流效果不明。纵观放流始末,探讨增殖放流是否会对长江自然群体遗传质量产生影响,评估增殖放流对渔业资源量的贡献,成为亟待探究的问题。本研究重点分析江苏省主要原良种场增殖放流育苗群体种质资源现状,并在此基础上进一步对鳙增殖放流贡献率进行评估。基于微卫星标记技术,选用10对鳙特异性的微卫星引物,与毛细管电泳分离技术相结合,对鳙亲本和长江回捕样本进行基因分型数据处理。以期准确开展人工增殖放流效果评估,规范放流种苗生产技术。主要研究结果如下:1. 原良种场鳙亲本和后备亲本种质资源现状评估（1）遗传多样性对7个亲本群体和1个后备亲本群体共638份DNA进行基因分型,计算遗传多样性参数。10个微卫星位点多态性检验结果显示,无效等位基因频率均小于0.2,共检测到368个等位基因,多态信息含量（PIC）范围为0.797～0.924,Shannon’s信息指数（I）变异范围为1.860～2.355。F统计量显示,群体内近交系数(FIS)平均值为0.078,遗传分化系数平均值(FST)为0.050,所试样本整体处于中度的遗传分化。群体遗传多样性分析结果显示,8个群体遗传多样性总体水平较高,其平均等位基因数（Na）平均值为14.83±1.45,观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）平均值分别为0.76±0.05和0.82±0.02,Shannon’s信息指数（I）平均值为2.08±0.09。结果表明,各群体之间遗传多样性水平存在差异,皆缺少杂合子,其中后备亲本遗传多样性水平最高,但存在一定程度的近交抑制风险。（2）遗传结构所试638尾鳙样本所属于2个不同的类群,第I类群主要由亲本个体构成,后备亲本则被划分到第Ⅱ类群,类群结构相对单一化。主坐标分析（PCoA）结果与贝叶斯群体遗传结构分析图（Structure）具有一致性,且显示亲本群体更新后的部分个体Nei’s遗传距离更靠近后备亲本。各个群体间遗传分化系数(FST)的范围在0.009～0.180之间,其中后备亲本群体与其他亲本群体间表现为高度的遗传分化,亲本群体之间遗传分化很低。AMOVA分析结果显示,样本中遗传变异主要存在于群体内部的个体之间（89%）,少部分发生在不同群体之间（11%）,符合鲢、鳙和草鱼等大宗淡水鱼野生群体普遍呈现的遗传变异结果。研究结果表明鳙亲本和后备亲本的遗传结构存在差异,群体分化水平高,后备亲本暂视为亲本良好的补充群体。2. 长江江苏段主要良种场鳙增殖放流贡献率评估（1）鳙增殖放流贡献率效果评估系统利用以微卫星标记技术为基础的亲子鉴定手段,初步构建“建立亲鱼微卫星基因库—增殖放流—回捕—亲子鉴定”的鳙增殖放流贡献率效果评估体系。对江苏省良种亲本和长江江苏段回捕鳙共1250尾样本进行基因分型,计算位点多态性及亲权排除率。结果表明,各位点等位基因个数介于19～55个之间,其观测杂合度平均值为0.748（0.530～0.909）,期望杂合度平均值为0.882（0.818～0.929）,多态性信息含量平均值为0.871（0.797～0.924）;Cervus3.0模拟亲子分配结果显示,当置信度为95%,亲本性别未知情况下10对微卫星位点组合非亲权排除率为99.996%。（2）鳙增殖放流贡献率本研究使用毛细管电泳辅助微卫星分型,以增加亲子鉴定效率和精准度。获得江苏省内原良种场563尾鳙亲鱼和长江江苏段687尾回捕鳙的遗传信息。利用谱系鉴定软件,通过基因型对比将回捕鳙作为子代分配至候选亲本,从而鉴定出回捕群体中的放流个体。结果表明,所有拟定子代中有42尾与亲鱼之间存在亲子关系,被鉴定为人工增殖放流个体,由此推算此次评估亲本的放流子代对长江江苏段野生回捕群体的贡献率为6.11%。该结果表明增殖放流群体对野生群体具有良好的融合效果和补偿效应,为长江渔业资源管理提供参考信息。