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基因控制着毛色色素的形成和类型,从而能够决定哺乳动物的毛色。不同种属哺乳动物的毛色由不止一个基因决定;这些基因不仅能在突变后影响毛色的形成,而且能够通过彼此间的相互作用控制毛色的产生。所以寻找控制家兔各毛色的主效基因对于家兔毛色的纯化具有重要意义,其中黑素皮质素受体1(MC1R)基因、鼠灰色(AGOUTI)基因、酪氨酸酶(TYR)基因、酪氨酸酶相关蛋白1(TYRP1)基因及毛色位点稀释(MLPH)基因是与家兔毛色有关的五个候选基因。本实验以青岛康大兔业发展有限公司与山东农业大学联合培育的749只肉兔及蒙阴益达兔业有限公司与山东农业大学联合培育的399只长毛兔为实验材料,共计1148只。采样时根据颜色将家兔分为黄色、黑色、麻色、白色、青紫蓝及八点黑色。对各种颜色先进行混池测序,利用DNAMAN软件及chromas软件寻找各颜色候选基因编码区的SNPs位点;再对发现的每种颜色的每个SNPs位点取20个样本单独扩增测序,对SNP位点进行验证,统计基因型及基因型频率,筛选控制该颜色的主效控制基因。MC1R基因:本研究在家兔MC1R基因的外显子发现四个突变位点(1)317→346 ins30,(2)346G→A,(3)568T→C,(4)292-297del6,四个突变位点在不同毛色家兔中的存在情况不同:黄色家兔未发现突变,黑色、麻色、白色、青紫蓝及八点黑色家兔中四个突变位点的存在复杂多样,因此单个MC1R基因无法决定家兔是何种毛色。AGOUTI基因:本实验在AGOUTI基因的四个外显子的研究发现,在基因的第一、第三及第四外显子各毛色家兔未发现SNPs位点,在第二外显子发现2个突变位点(5)294G→A,(6)315G→A两个突变位点,两个位点发生连锁且只存在黄色、麻色及青紫蓝色的家兔中。黄色、麻色家兔的EEFF基因型为优势基因型,其频率分别为0.95及0.85;青紫蓝色家兔的EeFf基因型为优势基因型,其频率为0.8。TYR基因:本实验对TYR基因的五个外显子研究发现4个突变位点,位点(7)210G→A,(8)176G→C,(9)197A→C及(10)240A→C,其中位点7位于第一外显子,位点8及位点9位于第二外显子,位点10位于第三外显子。突变位点7及位点8,突变后其优势基因型频率较低,直接作用于毛色的影响小,对实验研究意义不大;只有八点黑色家兔在位点9发生突变,II基因型为其优势基因型,且基因型频率为1,因此突变位点9可以作为八点黑色家兔的筛选标记。在突变位点10处,黄色家兔及八点黑色家兔的JJ基因型为优势基因型,其基因型频率为1,黑色家兔及青紫蓝色家兔的Jj基因型为优势基因型,其基因型频率为1,麻色家兔及白色家兔jj基因型为优势基因型,其基因型频率为1。TYRP1基因:本实验对TYRP1基因的七个外显子研究发现3个突变位点(11)73C→T,(12)155Tdel,(13)158T→A,且突变位点12及13构成连锁,只发生在黄色家兔中,MMNN基因型为其优势基因型,且基因型频率为1;在其他颜色家兔中未发现位点12及位点13的突变,因此推测此基因位点的突变与家兔黄色的产生有关。位点11突变后其优势基因型频率较低,直接作用于毛色的影响小,对实验研究意义不大.MLPH基因:本实验对MLPH基因的第五外显子研究发现两个突变位点(14)206T→C及位点(15)208C→T。通过研究发现,各颜色家兔在位点14及位点15处的突变种类复杂,因此无特征性的突变。由此得出,单独的MLPH基因与家兔毛色的产生意义不大。本研究对影响毛色的五个候选基因的编码区进行扩增测序,分析了它们与毛色的关系。通过比较分析各颜色家兔SNP位点的信息,结合分子生物学的研究方法,本实验推测出了各颜色的主要控制基因及该颜色的基因型,黄色家兔的主要控制基因为TYRP1基因,基因型为MM;黑色家兔的主要控制基因为AGOUTI基因与TYR基因,基因型为eeJj;麻色家兔的主要控制基因为AGOUTI基因与TYR基因,基因型为EEjj;白色家兔的主要控制基因为AGOUTI基因与TYR基因,基因型为eejj;青紫蓝色主要控制基因为AGOUTI基因与TYR基因,基因型为EeJj;八点黑色家兔的主要控制基因为TYR基因,基因型为II。均可被期望用来作为家兔毛色纯化的分子标记,但是其在生产实际中的应用还有待进一步扩大群体来验证,且在分子表达等方面需进一步研究论证。