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本研究旨在探究哺乳期补饲精料对牦牛犊牛肠道发育和微生物区系的影响。选取30日龄、体重相近的20头牦牛犊牛,随机分为对照组（A组）和补饲组（AS组）,每组各10头牦牛犊牛。A组牦牛犊牛饲喂代乳粉+苜蓿干草,AS组牦牛犊牛饲喂代乳粉+苜蓿干草+精料,试验期共130 d,预试期30 d,正试期100 d。通过饲喂试验测定牦牛犊牛的干物质采食量、体重、体尺、料重比、营养物质表观消化率、腹泻频率、发病频率及血液指标;饲喂试验结束后进行屠宰试验,采取肠道组织、内容物和黏膜测定肠道重量、肠道组织形态、肠道消化酶活性、肠道免疫因子含量、肠道转录组;采取肠道内容物测定肠道微生物区系及肠道代谢产物。结果表明:1)AS组牦牛犊牛总干物质采食量及粗蛋白、粗脂肪和磷的干物质采食量、体重、胸围和管围显著高于A组（P＜0.05）,而中性洗涤纤维和酸性洗涤纤维的干物质采食量显著低于A组（P＜0.05）;AS组牦牛犊牛对钙和磷的表观消化率显著高于A组（P＜0.05）;AS组牦牛犊牛的腹泻频率和发病频率均显著低于A组（P＜0.05）;AS组牦牛犊牛血液中的Ig A、IL-6、TNF-α、M-CSF和IFN-γ含量显著高于A组（P＜0.05）,而ALB的含量显著低于A组（P＜0.05）。2)AS组牦牛犊牛的回肠绒毛长度和盲肠黏膜厚度显著高于A组（P＜0.05）;AS组牦牛犊牛十二指肠中胰蛋白酶活性、空肠中糜蛋白酶和脂肪酶活性、回肠中糜蛋白酶和α-淀粉酶活性、盲肠中脂肪酶和纤维素酶活性显著高于A组（P＜0.05）,而十二指肠中糜蛋白酶活性、结肠中α-淀粉酶、脂肪酶和纤维素酶活性显著低于A组（P＜0.05）;AS组牦牛犊牛回肠IL-2和盲肠IL-6含量显著高于A组（P＜0.05）,而空肠TNF-α含量显著低于A组（P＜0.05）;与A组相比,空肠CIDEC、ACSS3、ST8SIA6、结肠ITGAD、ACADSB、IGFBP2等有关肠道消化吸收、免疫及发育的基因在AS组显著上调（P＜0.05）。GO功能富集中生物过程一类在空肠主要是跨膜转运（Transmembrane transport）,在结肠主要是氧化还原过程（Oxidation-reduction process）和调控信号（Regulation signaling）。KEGG通路富集在空肠中主要是谷胱甘肽的代谢（Glutathione metabolism）、维生素的消化和吸收（Vitamin digestion and absorption）和抗逆转录病毒抗体（Antifolate resistance）等,在结肠中主要是类固醇激素的生物合成（Steroid hormone biosynthesis）、细胞粘附分子（Cell adhesion molecules）和T细胞受体信号传导途径等（T cell receptor signaling pathway）。3)A组和AS组空肠和盲肠微生物区系结构具有显著差异（P＜0.05）。AS组空肠和结肠的丰富度指数Chao1和ACE显著低于A组（P＜0.05）。AS组回肠、盲肠和结肠的拟杆菌门（Bacteroidota）相对丰度显著高于A组（P＜0.05）,而结肠的厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度显著低于A组（P＜0.05）。AS组空肠和回肠的聚乙酸菌属（Acetitomaculum）、盲肠和结肠的拟杆菌属（Bacteroides）相对丰度显著高于A组（P＜0.05）。空肠差异代谢产物显著富集的KEGG通路是氨酰-t RNA生物合成（Aminoacyl-t RNA biosynthesis）、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成（Phenylalanine,tyrosine and tryptophan biosynthesis）和丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢（Alanine,aspartate and glutamate metabolism）等,这些通路对应的差异代谢产物是L-苯丙氨酸（L-Phenylalanine）、L-酪氨酸（L-Tyrosine）和L-谷氨酸（L-Glutamic acid）等。结肠差异代谢产物显著富集的KEGG通路是核黄素代谢（Riboflavin metabolism）、内分泌耐药（Endocrine resistance）、赖氨酸降解（Lysine degradation）等,这些通路对应的差异代谢产物是5,6-二甲基苯并咪唑（5,6-Dimethylbenzimidazole）、核黄素（Riboflavin）、雌二醇（Estradiol）等。综上所述,在牦牛犊牛（饲喂代乳粉和苜蓿干草）60日龄至160日龄阶段平均每天补饲331.35 g精料,牦牛犊牛的平均饲粮干物质采食量为1296.80 g,相比未补饲牦牛犊牛增加了8.88%,主要是提高了饲粮中蛋白质和脂肪的干物质采食量,牦牛犊牛的腹泻频率和发病频率分别为6.00%和7.50%,相比未补饲牦牛犊牛分别降低了51.61%和42.75%。补饲精料至160日龄时牦牛犊牛平均体重为76.13kg,相比未补饲牦牛犊牛提高了9.86%。与未补饲牦牛犊牛相比,补饲精料的牦牛犊牛肠道内对蛋白质、脂肪和淀粉消化的消化酶活性显著提高,参与生长调节的IGFBP2、参与VFA代谢的ACSS3、ACADSB、参与脂质代谢的CIDEC、NCOA2、GALNT16、以及参与免疫反应的ST8SIA6、ITGAD、GPR55肠道基因表达显著上调,肠道微生物拟杆菌门、聚乙酸菌属和拟杆菌属显著增加及肠道氨基酸类代谢产物上调,这些有利于肠道发育、肠道对营养物质的消化吸收及能量代谢,并且提高了肠道黏膜免疫功能。