我国正处于国民经济结构战略性调整时期,需要有更加稳固的农业做支撑,农业产业结构的调整是现阶段战略调整的基础。农用地是农业生产中最基本且不可替代的生产资料,农用地资源的优化配置是农业可持续发展的关键,因此,区域农业产业结构调整与农用地资源配置之间存在着一定的互动关系。新疆面积广阔,是我国的农业大区。多年来,农业生产方式粗放,土地产出效率低下,且土地生态环境退化严重。因此,开展新疆农业产业结构调整与农地资源优化配置研究,有助于改变农业生产方式,提高土地产出率,促进农业与土地生态环境的良性循环。本论文在深入研究农业产业结构调整和农地资源优化配置的内涵,并借鉴国内外相关理论与方法的基础上,形成了农业产业结构与农地资源优化配置的理论分析框架。通过对新疆农业产业结构调整、农用地资源利用的现状分析,探寻了新疆农业产业结构、农用地资源利用变化规律及农地资源配置与农业产业结构调整存在的问题及其可能的成因；运用格兰杰因果分析法对新疆农业产业结构调整与农地资源配置之间的互动关系进行了验证,并运用DEA模型评价农业产业结构调整过程中农地投入产出效率；考虑到新疆生态环境脆弱的特点,农业产业结构调整与农地资源配置必须与生态环境保护并举,因而从可持续发展角度对农地生态系统与农业产业结构调整进行耦合分析,判别两者之间变化的协调性与合理性；最后以最优化理论为指导,利用线性规划模型确定农地资源的数量优化结构,并在此基础上,确定农业产业结构调整优化的思路、方向及保障措施,针对如何促进农业产业结构调整与农地资源配置的双向优化提出了对策建议。本研究的主要结论：新疆土地资源、光热资源丰富,具有发展特色农业的优势。近年来,农用地面积缓慢增长,农业结构趋向合理,但由于区域生态环境脆弱,农业发展必须以水定地。通过格兰杰因果分析可以看出,新疆农业产业结构调整与农地资源优化配置还未形成双向的因果关系,仅表现为农用地利用结构的调整推动农业产业结构的变化,并且农用地利用结构变化要快于农业产业结构的变化。通过农用地投入产出效率分析得到如下结论：新疆的农用地投入产出效率在全国排名第13位,在西北五省中排名最高,总体情况较好,但在土地集约利用程度和技术投入方面还略显不足；在时间序列上,新疆农用地投入产出效率呈现波动性递增的趋势,但劳动力投入过多,技术的管理与应用不足；从区域内部看,北疆农用地利用效率较高,南疆次之,东疆最低,但14个地州在农用地利用中都不同程度地存在生产要素不匹配的问题。新疆农业产业结构调整与农地生态系统的耦合分析结果表明,新疆农业产业结构调整与农地生态系统的协调关系表现为周期性变化趋势,即协调关系由最初的严重失调,逐渐改善为中度失调,之后协调关系出现波动,演变为重度失调,在此之后协调关系又逐渐改善,其演变过程为低水平协调→协调,期间也经历了一次波动。根据土地资源优化配置方案,尝试提出了新疆未来农业产业结构调整的方向,即优化种植业“粮、经、草”三元结构,做大做强做优畜牧业,注重林业生态建设,加快发展现代渔业。