知识产权的经济原理是以更快的创新来弥补垄断带来的无效率损失，但是目前大量不当或错误形成专利权和商标权（“问题知识产权”）实际上抑制了创新并引起广泛争议。然而，学术界对这一现象缺乏全面系统的研究。有鉴于此，本文从权利有效性的角度论证了“问题知识产权”的产生及其对市场竞争和技术创新的影响。　　 首先，本文分析指出“问题知识产权”源自知识产权制度的系统失灵：专利权保护的垄断性预期引发专利申请竞赛，这造成专利审查体系的沉重负荷，大量不当或错误授权的“问题专利”由此产生。注册商标获得的不当激励使商标申请中的投机行为盛行，大量没有真实使用意图的“垃圾商标”被核准注册。　　 其次，本文从权利有效性角度阐明了“问题知识产权”对公平竞争和技术创新的影响机理。知识产权制度在本质上保护的是创新者占有市场的排他权，而这种排他权的实现依赖于第三人或者权力机关对有效性的认可。由于第三人对问题知识产权的权利有效性认可度较低，权利持有人试图通过机会主义诉讼和反竞争诉讼实现排他权，这是一种有害的权利寻租行为，本文通过完全信息动态博弈解释了这类诉讼如何成为“可置信威胁”（credible threat）。权利有效性的不确定性和可置信的诉讼威胁，使商业投资者在知识产权利用中倾向于风险厌恶，由此产生许多非必要的商标和专利许可，这增加了竞争成本，也加剧了问题知识产权的错误执行。　　 由于在诉讼威胁中获取初步禁令是“问题专利”持有人获取收益的重要筹码，也是其增加私人和社会成本的根源之一。本文通过专利权执行概率的模型分析，提出了更优的专利执行策略：利用专利权的不确定性特征，在专利权的执行中实行“迟延”策略（即在有效性认定之前拒绝授予初步禁令），可以诱致有限的临时“侵权”以减少问题专利执行造成的无谓损失，提高整体的社会福利，但不会降低真正专利权人的创新激励。　　 再次，本文分析了挑战问题知识产权有效性的制度诱因，指出挑战“问题专利”有效性存在激励不足的原因：专利无效诉讼是一项使行业潜在进入者受益的“公共产品”，而在专利权有效时生产商的许可费成本会向下游的消费者转移。同时通过两个例子论证制度设计在挑战专利商标权有效性中的重要性：（1）在制药行业的竞争中，美国品牌药公司利用Hatch-Waxman法的漏洞，通过申请“问题专利”和签订“反向支付”协议等策略，反对仿制药企业的专利挑战活动，以推迟非专利药竞争者的进入。（2）我国《商标法》保护注册商标的制度误区为近似产品竞争者的市场进入设置了壁垒，因此为近似商标合法共存提供制度空间，是减少权利执行的社会成本、提高市场效率的途径。　　 最后，本文提出并论证了知识产权的有效性推定理论，并基于此提出消除“问题知识产权”负面影响的对策。消除“问题知识产权”的危害，关键在于科学界定知识产权的保护宽度，特别是明确知识产权保护宽度的界定成本在事前（ex ante）授权阶段和事后（ex post）权利执行阶段的分配。有效性推定从事前与事后阶段提供了知识产权制度因应变革的支点。由于审查机构的资源限制和专利价值分布的不均衡，与事前对每一项专利申请进行严格审查相比，在权利执行阶段判断专利权的有效性更具有经济合理性。具体而言，专利制度应对发明专利、实用新型和外观设计专利赋予不同层次的有效性推定，设立有区别的无效程序，并增加挑战“问题专利”的激励机制。对商标制度来说，应强化商标注册人的使用义务，在救济程序中应准确适用禁令和损害赔偿。