近半个世纪以来,随着遗传学和分子生物学兴起以及相关技术方法在鸟类学研究中的应用,鸟类分类学研究得到了快速发展。本文对内蒙古47种非雀形目鸟类的COI基因部分序列(694bp)和Cytb基因部分序列(747bp)进行了提取、扩增及序列位点的比较分析,并以麻雀为外群,构建NJ树和MP树,分析其亲缘关系。由以上两个基因的部分序列分析数据可以得出：COI基因序列的碱基变异百分比低于Cytb基因,且COI基因序列的简约信息位点同样低于Cytb基因；碱基的替换均以转换为主；A+T的平均含量均高于G+C的平均含量；COI基因序列中保守位点高于Cytb基因,而变异位点低于Cytb基因。而且基于COI基因的K2P遗传距离均大于鸟类阈值2.7%,因此对于非雀形目鸟类来说,COI基因更适合进行物种鉴定,而Cytb基因更适合作为界定鸟类不同目亲缘关系的分子标记。通过构建基于COI、Cytb及结合两种基因构建的NJ进化树与MP进化树,结果显示,各目中个体自行聚在一起,且置信度高,符合宏观分类学特征。雁形目与鸡形目为姐妹群,隼形目的鹰科和隼科不聚在一起,佛法僧目单独为一支且与各目距离都较远,自举值达90以上,置信度较高,需要更多的数据支持。本文的研究结果对探讨鸟类的起源及系统演化规律,研究种群结构及其与环境的适应关系以及进化趋势等具有非常重要的理论意义。此外,利用COI和Cytb基因进行系统发育分析,为DNA条形码编码库积累基础数据,为分类学研究以及探讨可能的系统亲缘关系提供新的研究手段。