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进入21世纪以来,随着科技的日新月异和全球经济一体化进程的加快,科技与经济之间的关系日益紧密,因此,各个国家和地区也越来越将科技创新摆在重要的地位,并逐步将其纳入国家发展战略中。十八大以来,我国提出了依靠技术创新逐步调整产业结构的重要战略措施。虽然我国政府越来越重视科技创新在国民经济和社会发展过程中所发挥的作用,并且创新活动的投入总体来说一直保持着上升趋势,但是也必须认识到,我国仍然处于发展中国家的行列,创新资源相对有限,创新投入与发达国家还存在着一定的差距,因此就必须充分利用较少的创新投入以获取较大的创新产出,努力提高创新效率以适应我国当前阶段的发展。本文将区域创新活动划分为区域创新研发阶段和区域创新成果转化阶段,然后选取中国大陆30个省市2004-2013年期间的样本面板数据,运用SPSS软件分别对两阶段的创新投入产出数据进行相关性分析,确保投入的增加不致于产出的减少。然后构建两投入、两产出的创新研发效率评价指标,三投入、两产出的创新成果转化效率评价指标。并根据我国最新的经济区域划分,将我国大陆地区的省市分为东部地区、中部地区、西部地区和东北地区。然后分别运用DEA和Malmquist指数模型对区域创新两阶段效率进行静态评价和动态评价,研究区域创新两阶段效率在2004-2013年间的演变趋势;随后,又运用面板Tobit回归模型分析了区域创新环境对区域创新两阶段效率的影响。研究结果表明:(1)从静态评价来看,我国在创新研发阶段的效率处于较高水平,但是在创新成果转化阶段的效率总体水平不高,还存在着较大的提升空间。(2)从动态评价来看,我国在创新研发阶段的全要素生产率大于1,创新全要素生产率的增长主要的动力源泉是技术进步,而效率改善的作用并不明显;而在创新成果转化阶段的全要素生产率小于1,引起创新全要素生产率的下滑既有技术退步,也有技术效率的下滑,主要是技术效率下滑引起的。(3)从创新环境因素的影响方面来看,区域信息化水平对创新研发阶段有显著的正向影响,而对创新成果转化阶段的效率并没有显著的影响。地区劳动者素质对创新研发阶段的效率有显著的正向影响,对创新成果转化阶段的效率有显著的负向影响。政府支持对创新研发阶段的效率有显著的负向影响,对创新成果转化阶段的效率则无显著的影响。金融机构支持对创新研发阶段的效率有显著的正向影响,对创新成果转化阶段的效率则无显著的影响。