我国流域水污染“久治不愈”不但和长期粗放式的增长模式及工业化中期的发展阶段密切相关,与此同时,还和一直以来低效的污染治理机制密不可分。相对于传统的政府和排污者自治,第三方治理作为流域水污染治理的创新手段,优势显著。顺应环保节能、绿色发展的世界潮流,确立“污染者付费,专业化治理”的创新思路,大力推行、建立健全流域水污染第三方治理创新机制,具有重要的理论与现实意义。本文给出了第三方治理企业及流域水污染第三方治理的概念界定,梳理了第三方治理企业的三大特征及流域水污染第三方治理的五大基本要义,以公共物品理论、外部性理论、专业化分工理论和委托代理理论为指导,比较了流域水污染第三方治理各种运行模式的适用领域、优势及不足,同时,分析了流域水污染第三方治理的动力机制、投融资机制和风险防范机制,并深入剖析了传统治理机制的缺陷,梳理了我国流域水污染第三方治理的政策脉络,结合我国流域水污染第三方治理的探索及国外成功经验,从激活动力机制、健全投融资机制和完善风险防范机制方面提出了完善我国流域水污染第三方治理机制的建议。