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目的:
应用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(Matrix-assisted LaserDesorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry, MALDI-TOF MS)蛋白提取法和hisA基因测序快速鉴定伯克霍尔德菌群,旨在建立快速准确的鉴定方法。并对临床分离的伯克霍尔德菌群进行分子分型。
方法:
收集117株临床分离的伯克霍尔德菌群,将菌种接种于哥伦比亚血平板和中国兰平板,37℃孵育,挑取菌落采用MALDI-TOF MS蛋白提取法快速鉴定细菌;提取基因组DNA,采用hisA基因测序方法对其进行分子分群,同时以16S rRNA基因测序方法为标准,对两方法进行比较。
结果:
hisA基因测序鉴定结果:94株新洋葱伯克霍尔德菌(Burkhoderia cencepacia,GⅢ型),11株多嗜伯克霍尔德菌(B.multivorans,GⅡ型),9株洋葱伯克霍尔德菌(B.cepacia,GⅠ型),3株越南伯克霍尔德茵(B.vietnamiensisGⅤ)。与hisA基因测序相比,16S rRNA基因测序结果9株洋葱伯克霍尔德菌不能与稳定伯克霍尔德菌(B.stabilis,GⅣ)区别,其余鉴定结果与其一致,符合率92.3%。MALDI-TOFMS鉴定分数均值2.173,1株结果不可信(分值<1.700),21株鉴定到属(分值1.700-2.000),29已鉴定至属,有可能鉴定到种(分值2.000-2.300),56株可以鉴定到种。117株洋葱伯克霍尔德菌群MALDI-TOF MS蛋白提取法鉴定结果同hisA基因测序结果均符合,鉴定符合率100%。临床菌株分离率新洋葱伯克霍尔德菌(GⅢ型)占80.3%(94/117),多嗜伯克霍尔德菌(GⅡ型)占9.4%,洋葱伯克霍尔德菌(GⅠ型)占7.7%,越南伯克霍尔德菌(GⅤ型)占2.6%(3/117)。
结论:
1、使用Vitek2 compact全自动细菌鉴定仪鉴定伯克霍尔德菌菌群时,不能有效将各种基因型分离开来,但其鉴定耗时较短。16s rRNA基因测序鉴定伯克霍尔德菌也只能区分一部分基因型,不能全部鉴定到种,并且这种方法花费3天左右才能完成。
2,使用HisA基因测序的方法鉴定伯克霍尔德菌菌群时,鉴定结果准确。本实验中,hisA基因测序的方法将伯克霍尔德菌菌群区分为四个基因型。但这种方法与16srRNA基因测序一样花费时间较长。
3,MALDI-TOF MS鉴定细菌准确,与hisA基因测序结果一致。由于其操作时间短,高通量的特点,适合临床实验室使用。
4,用生成树状图分析菌种亲缘关系远近时,使用HisA基因测序结果分析较使用MALDI-TOF MS准确。