基于CIBERSORT与WGCNA算法探索前列腺癌中M2-TAMs浸润相关基因标志物

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目的:前列腺癌(prostate cancer,PCa)发生多西他赛(docetaxel,DTX)化疗耐药潜在机制尚不清楚,本研究旨在探索M2型肿瘤相关巨噬细胞(tumor-associated M2 macrophage,M2-TAM)浸润对前列腺癌的化疗耐药发生及发展所起的作用,以及其涉及相关的信号传导途径。方法与材料:本研究收集并分析肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)的PCa样本数据。使用CIBERSORT算法以评估PCa中肿瘤浸润免疫细胞比例,发现其中M2-TAM所占比例较大,其浸润程度与预后及临床病理分期相关。进一步筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),进行加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA),聚类功能模块,以确定与M2-TAM浸润的高度相关的模块。分析提示与M2-TAM浸润相关的关键模块为红色模块,对红色模块进行GO分析和pathway分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,识别hub基因。对选定的hub基因,利用TCGA、国际肿瘤基因组协作组(international cancer genome consortium,ICGC)在TCGA数据库中进行在线验证hub基因在癌旁组织与肿瘤的转录、甲基化水平差异,进行生存分析。利用人类蛋白质图谱图像分类(human protein atlas,HPA)数据库验证hub基因蛋白水平表达差异。通过CCK8法检测前列腺癌细胞株PC3的增殖活性,利用慢病毒转染技术建立ACSL1敲减细胞系,q RT-PCR、western blot检测ACSL1的m RNA和蛋白质表达水平,探究ACSL1表达水平与前列腺癌DTX化疗耐药的作用。结果:生信分析提示292例PCa样本中,M2-TAM在22个肿瘤浸润免疫细胞亚群中占较高比例,红色模块与M2-TAM浸润相关性最大。功能注释分析发现,可能的生物学过程和途径主要与髓系白细胞的激活、破骨细胞细胞分化、免疫反应负调控。对于四个关键基因:ACSL1长链脂酰辅酶A合成酶1(acyl-Co A synthetase long-chain family member 1),Discs大同源物关联蛋白家族(discs large?associated protein family,DLGAPs),驱动蛋白超家族23(kinesin family member 23,KIF23),缩素复合物亚型蛋白3(non-smc condensin i complex,subunit G,NCAPG)。本研究选取ACSL1验证其对耐药影响,敲减ACSL1表达后,前列腺癌细胞对DTX敏感性明显增加(P<0.05)?结论:总之,生信分析表明M2-TAM是PCa中主要的肿瘤浸润免疫细胞之一,ACSL1,DLGAPS,KIF23,NCAPG等基因的差异表达,可能是M2-TAM浸润的重要驱动力。实验证实,高水平的ACSL1表达可能与PCa的发展和化疗耐药性相关,可以作为临床肿瘤治疗的潜在靶标。
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