栽培苹果(Malus domestic Borkh),是一种非常受欢迎的水果。关于栽培苹果的起源和驯化,学者们曾对此进行过大量的研究,但是由于其驯化过程复杂、驯化时间长,在这个问题上存在一些争议。另外,在栽培苹果的群体结构方面也没有相关的研究。栽培苹果有着什么样的群体遗传结构?其是否起源于欧洲森林苹果?驯化作用影响了苹果基因组上的哪些基因?本实验基于苹果属植物群体的全基因组SNP图谱对上述问题展开了研究。首先,通过主成分分析、个体血统分析、以及分子系统发育树分析等方法对苹果属植物的群体结构进行了研究、其次,通过近似贝叶斯计算、递次式对偶溯祖等方法对苹果属植物的种群历史进行了研究,最后,通过选择性清除分析研究了人工选择对苹果基因组产生的影响。主要的研究结果如下:1.揭示了栽培苹果的群体结构。基于SNP数据对苹果属植物进行了群体结构分析,结果表明旭苹果、红玉苹果的遗传多样性较高,有着较高的育种潜力。基因流分析表明栽培苹果中不同亚群体间存在广泛的基因流,旭苹果、红玉苹果和野生苹果之间存在较强的基因流。2.通过选择性清除分析鉴定出245个受到人工选择的基因组区域,共包含1,900个基因。基因富集分析结果表明这些基因主要和抗逆性、糖代谢以及细胞壁修饰有关。在15号染色体上发现一个明显的受选择信号,该区期内编码细胞色素P450酶的基因(MD15G1050400、MD15G1050500、MD15G1050600、MD15G1050700)以及MYB结构域蛋白的基因(MD15G1050300、MD15G1050900、MD15G1051000、MD15G1051100)可能在苹果的驯化过程中发挥着重要的作用。