以双功能蛋白酶JMJD6为靶点的分子动力学模拟和计算机辅助药物设计

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JMJD6蛋白与多种癌症的发生紧密相关,现已成为抗癌药物研发的热门靶点。而分子动力学模拟和计算机辅助药物设计在新药研发阶段起着重要的作用。因此,本论文以JMJD6蛋白酶为主要研究体系下,同时从基于配体和基于受体两个方面来设计以JMJD6蛋白酶为靶点的小分子抑制剂,并对设计的化合物进行核查,为后续的生物活性测试做准备。论文主要取得了两方面的成果:首先利用分子动力学模拟技术动态考查了JMJD6/Fe/2OG在实验条件下随时间变化的复合物构象,从中找出了差异较大的三个构象来代表复合物随时间而产生构象结构差异的信息,并将这三个构象同原晶体构象一起用于组合3D-QSAR、多层次分子对接的虚拟筛选,一定程度上弥补了3D-QSAR、分子对接技术静态研究模式的不足;基于3D-QSAR模型和分子对接技术的联用,对Drug-like小分子数据库进行虚拟筛选,挑选出6种不同母核小分子进行结构优化为合成做准备。
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