嗜盐噬菌弧菌BALOs9的生物学特性、系统发育及基因组分析

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蛭弧菌类群(Bdellovibrio-and-like-organisms,BALOs)是一类独特、运动型革兰氏阴性细菌。它们在自然环境中广泛分布并具有明显的捕食性双相生命周期。由于BALOs主要捕食革兰氏阴性细菌,特别是大多数的革兰氏阴性病原体,因此它们已经在农业、畜牧业和水体净化中作为潜在的“活的抗生素”和生物防治剂使用。目前已有明确分类的BALOs仅7个属10种,BALOs的分类地位仍然不明确。本研究阐释了一种新的周质捕食性BALO菌株的多相分类学表征和基因组性。结果如下:(1)本研究通过使用溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)作为宿主以海水双层平板法成功从大亚湾海水样品中分离得到3株原核捕食性细菌BALOs9、BALOs10和BALOs28,基于16S rDNA基因序列的系统发育分析表明,三个菌株相互之间具有99.9%的相似性,属于Oligoflexia纲Halobacteriovorax属的一个新物种。菌株BALOs9(=MCCC 1K03527~T=JCM 32962~T)由于其较强的裂解能力而被选为代表菌株。这些菌株为革兰氏阴性、弧形且为运动型细菌,具有单根有鞘鞭毛(25-28 nm宽),菌体大小0.3μm×0.5-1.0μm。三种专性捕食菌株表现出双相生命周期:自由游动攻击阶段和猎物胞内生长阶段。会形成蛭质体。菌株BALOs9的基因组大小为3.14 Mb,G+C含量为35.8 mol%。菌株BALOs9的基因组与迄今发现的BALO基因组之间的dDDH(数字DNA-DNA杂交)估计值和gANI(全基因组平均核苷酸一致性)值分别为12.5-19%和63.49-76.15%。根据生命周期,生理,gANI和dDDH数据的特征,菌株BALOs9被鉴定Halobacteriovorax属中的新物种,将其命名为Halobacteriovorax vibrionivorans BALOs9。(2)对菌株BALOs9进行了生物特性分析,包括温度、盐度、pH、维生素、抗生素、氨基酸以及不同保藏方法对BALOs9生长的影响。研究结果表明,菌株BALOs9最适生长条件为~37℃、2%-4%(w/v)NaCl和pH 7.0-8.0;使用-80℃甘油保藏法时菌株BALOs9的活力保持最高;9种维生素(抗坏血酸、泛酸钙、吡哆素、烟酰胺、叶酸、硫胺素、对氨基苯甲酸、氯化胆碱和核黄素)的添加对菌株BALOs9生长无影响;14种氨基酸(L-谷氨酰胺、L-赖氨酸、L-谷氨酸、L-天冬氨酸、L-酪氨酸、L-色氨酸、L-苯丙氨酸、L-异亮氨酸、L-亮氨酸、L-缬氨酸、L-丙氨酸、甘氨酸、L-天冬酰胺、L-丝氨酸)对菌株BALOs9的生长有一定促进作用;BALOs9对盐酸四环素及多黏菌素B有抗性。(3)为了测定菌株BALOs9的裂解谱,本实验研究了菌株BALOs9对17株受试菌的裂解情况,结果显示菌株BALOs9可以裂解11株受试菌分别为V.alginolyticus、V.parahaemolyticus、Alteromonas macleodii、Erythrobacter lutimaris、Halomonas meridiana、Marinobacter adhaerens、M.algicola、M.flavimaris、M.hydrocarbonoclasticus、Escherichia coli和Pseudoalteromonas shioyasakiensis。(4)菌株BALOs9的基因组编码基因3011个。KEGG注释结果显示菌株BALOs9基因组中可能存在与捕食相关的基因,包括趋化性、鞭毛组装、IV型菌毛相关基因。菌株BALOs9只有5种氨基酸合成途径,缺失15种氨基酸的合成途径。并且菌株BALOs9的氨基酸主动转运体系存在缺陷,使得它必须处在一个能够提供高氨基酸浓度差的环境中,才能从外界获取足够的必须氨基酸,而寄生是能够满足此条件的一个途径。以上研究结果显示,新发现的一株性能优异的新型捕食性细菌BALOs9具有后续应用的潜力。此外,菌株BALOs9的基因组信息为后续捕食机制和寄生机制的研究提供了丰富的数据,具有重要的理论研究和应用价值。
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