目前，国内外的许多学者和专家对连作障碍产生的原因和机理做了一系列的研究工作。但是，研究对象主要集中在蔬菜、果树、中药材、粮食作物等方面，对食用菌方面的研究鲜见报道。本文先从土壤微生物区系和土壤酶活性方面分析了竹荪连作障碍的原因，然后引入代谢组学方法，从一块竹荪试验地多个时段采集土壤样，获取土壤样HPLC三维动态变化趋势图，试图探索研究竹荪连作障碍的新方法。主要研究结果如下：（1）竹荪连作后，土壤微生物数量发生变化，其中细菌的动态变化是：在竹荪种植1年与种植2年的土壤中，细菌数量的总体变化趋势相同，都是先升高后降低，呈“波浪式”起伏变化；竹荪不同种植年限，土壤放线菌的变化是：竹荪连作2年的比种植1年的数量明显增加；真菌的变化趋势是：在竹荪种植1年的土壤中，当竹荪处于出菇高峰期时，真菌数量出现一个最高峰，其他时期连作2年跟种植1年的数量变化趋势基本相同。（2）功能微生物数量的变化为：好氧性纤维素分解菌、氨化细菌、反硝化细菌、厌氧性自生固氮菌、亚硝酸细菌数量变化趋势基本一致，均随着种植年限的增加而增加，变化趋势为2年>1年>对照，而厌氧性纤维素分解菌、好氧性自生固氮菌数量变化趋势与其他类群不同，变化趋势为1年>2年>对照。（3）不同种植年限，脲酶、过氧化氢酶、多酚氧化酶、蛋白酶的酶活差异显著。其中脲酶、过氧化氢酶随着种植年限的增加土壤酶活性增强，竹荪种植2年的比种植1年的分别增加了84.23％、17.14％；随着种植年限的延长，土壤中蛋白酶、多酚氧化酶的活性减弱，且竹荪种植2年的比种植1年的分别降低14.67％、5.83％，而种植竹荪1年与2年的土壤中过氧化物酶活性变化不大。（4）巨大芽孢杆菌及其发酵液对竹荪菌丝的生长均有明显的抑制作用。其中巨大芽孢杆菌对竹荪菌丝生长的抑制作用达58.37％，巨大芽孢杆菌发酵液对竹荪菌丝生长的抑制作用达64.81％。（5）应用代谢组学方法和土壤活性组分三维目标跟踪技术，对连作土壤的物质组成进行分析，识别土壤标志物群，结合土壤微生物数量变化趋势图和竹荪生长情况分析，选择土壤微生物代谢物、竹荪菌代谢产物积累量突变最显著的若干对开始和终了时间点，根据能有效避开其他标志物群变化特征时间点的原则，为研究土壤微生物代谢物、竹荪菌代谢物对竹荪生长影响的试验设计确定试验样、对照样地的采样时间点。