近年来,我国高校的科研经费投入呈逐年增长趋势,而高校的科研投入和产出效率问题也日益受到关注。我国医药类院校是承担医药教育的主要载体,肩负培养现代化人才,特别是医学人才的使命。然而,目前国内有关高校科研效率的文献多以重点大学为研究对象,而对规模较大的医药类院校的科研效率评价则缺乏足够的重视。另外,目前学术界关于高校的科研效率的研究,大都停留在对高校科研投入与产出效率的测量上,而甚少涉及到影响效率因素方面。因此,本文在对我国医药类高校的科研效率进行测算后,进一步对其影响因素进行深入的探讨。本文首先选择我国47所医药类院校为研究对象,通过DEA—BBC模型对2009-2018年我国医药类院校的科研效率进行静态分析;其次引入Malmquist指数对我国医药类院校进行科研效率动态分析;再次,在三螺旋理论的基础上,从高校层面、企业层面、政府层面三个维度出发,构建Tobit回归模型探究我国医药类院校科研效率的有效影响因素;基于影响我国医药类院校科研效率的重要因素,构建我国医药类院校科研效率的驱动模型。最后,对如何提高我国医药类院校的科研效率提出了一些建议。研究结果表明:第一,2009—2018年我国医药类47所院校整体的高校科研效率较低,院校之间的科研投入产出效率存在明显的差异。第二,通过引入Malmquist指数计算出我国医药类院校科研全要素生产率均值为0.86,呈现下降态势,提高我国高校的技术进步效率是主攻方向,并存在区域差异,总体上呈现中部较强、西部次之、东部较弱的现象。第三,在我国医药类院校科研影响因素的回归结果分析中,人力资本、财力资本与高校科研效率呈显著正相关,物质资本投入到一定量后与高校科研效率呈现一定的负相关性,说明物质资本存在一定的冗余。此外,校企合作联结程度、政府支持力度与高校科研效率并不呈现显著的正相关性,表明高校与企业联系不紧密,政府支持力度不足。因此,我国医药类院校需要加强医药类专业人才的培养,提升技术产出水平;优化资金使用结构,提高我国医药类院校科研资源利用率;加强与企业、政府合作,提升医药类科技成果转化率。