本文在对近年来国内外三维水流数值模拟的有关文献进行了较系统地分析研究的基础上，以POM模型为基础，对三维水流及物质输运的数值模拟进行了一定的研究。论文首先评述了天然水流三维数学模型的国内外研究现状；其次，采用定边界点的方法，通过求解拉普拉斯方程组建立了定边界点下正交曲线网格的生成方法，并分别应用于边界规则的非对称渠槽截面及多连通区域的正交曲线网格的生成；然后，从笛卡尔坐标系下的三维数学模型基本方程组出发，通过坐标变换，导出了水平正交曲线坐标、垂向σ坐标系下的三维数学模型基本方程组；给出POM模型的离散网格及内外模式方程的差分格式，采用过程分裂法求解三维数学模型，并对紊动粘性系数的确定以及不同数值大小、不同结构型式下的垂向紊动粘性系数对数值计算结果的影响进行了讨论和分析；基于POM模型，对矩形水槽风生环流、明渠恒定流两个理论算例进行了计算，得到了与解析解及经验公式较一致的结果，并将模型应用于具有实际地形的潮汐水域长江太仓段的水流及物质输运的数值模拟，取得了较满意的结果。该研究成果对潮汐水域的水污染控制具有一定的理论价值和实际意义。