新疆作为我国主要的优质商品棉基地，越来越显示出其重要性。持续稳定的发展棉花生产，不但对巩固边疆、促进新疆经济增长有着重要的作用，而且对国内外纺织行业的发展均有重要的影响。品种作为重要的农业生产资料，新品种的选育及推广无疑会对棉花生产发展起到积极的推动促进作用。　　本研究利用SSR分子标记技术对新疆审定的42份早熟棉品种进行了遗传多样性研究,在此基础上进行了聚类分析及指纹图谱构建。以期为新疆的棉花育种和遗传改良奠定了基础。主要结果如下：　　1、采用L9(34)正交实验设计，研究了SSR-PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响。棉花SSR-PCR最适反应体系为：在10μl的反应体系中，TaqDNA聚合酶浓度为0.1U、dNTPs浓度0.2mmol/L、引物浓度0.4μmol/L、Mg2+浓度2.5mmol/L和模板DNA20ng；　　2、从2300对SSR引物中筛选出多态性高的引物46对，均用于42份供试材料的遗传多样性分析，共检测出586个等位基因变异，其中多态性等位基因变异467个，占80％。每对引物可检测出6～33个等位基因，平均12.74个。每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.738～0.951，平均为0.868。42个早熟棉品种间的遗传相似系数变化范围在0.582～0.951之间，总体平均值为0.782。利用NTSYSpc2.2统计分析软件，采用简单匹配系数SM（simplematchcoeffcients）按UPGMA进行聚类分析。在选取0.77为阈值时，供试品种可分为4个类群，聚类分析反映了一定的系谱来源，但并不十分吻合。证明SSR标记能较好地揭示供试棉花品种之间的遗传差异和亲缘关系。42个供试棉花品种具有丰富的遗传多态性,但品种间遗传差异较小。　　3、在利用SSR标记研究早熟棉品种遗传多样性的基础上，筛选到2对可用于构建新疆42个早熟棉品种指纹图谱的SSR特异引物。用这两对SSR引物对42个早熟棉品种进行PCR扩增,共扩增出32条清晰的带纹，其中多态性位点21个（占65.6%）。42个早熟棉品种都存在特异性带，成功构建了早熟棉品种的指纹图谱。结果表明，SSR标记技术是一种高效的种质鉴定方法。