中枢神经系统是扬子鳄各种生命活动的高级指挥中枢。扬子鳄的中枢神经系统分为端脑、间脑、中脑、延髓、小脑和脊髓；中脑和延髓合称脑干。12对脑神经核中的10对分布在脑干中，脑干是扬子鳄中枢神经系统中神经核最集中、最复杂的位置，是扬子鳄的循环、呼吸、繁殖、听觉、视觉、味觉等基本生命活动的神经中枢。本研究采用Nissl染色和免疫组化的方法研究了初孵扬子鳄脑干内的脑神经核团和室管膜的结构与功能。为扬子鳄神经系统的进一步研究提供理论依据。　　采用Nissl染色以及免疫组化SABC染色法研究了初孵扬子鳄脑干脑神经核团的位置及五羟色胺、多巴胺、胆碱乙酰转移酶和碳酸酐酶4在脑干脑神经核的分布。我们观察到，初孵扬子鳄的动眼神经核处于中脑的室周灰质腹侧的被盖处，两个内侧纵束之间，分别由背侧神经核、内侧神经核和腹侧神经核组成。滑车神经核处于中脑导水管腹侧，从大脑脚的后段开始，在动眼神经背侧核的背部，它与动眼神经核的距离约为1050μm。三叉神经核团是三叉神经的神经胞体聚集在脑干中形成，开始于中脑、向后延长到延髓，存在于整个脑干，在脑干的脑神经核团中，是最大的。三叉神经核与动眼神经核相距约为441-2177μm。三叉神经核团可分为三个部分：三叉感觉神经核团、三叉运动神经核团和脊束神经核团。三叉感觉神经核非常发达，位于延髓背外侧，部分位于脑桥。外展神经核是位于脑桥后端，第四脑室室底部的深色灰质两侧。与动眼神经核相距约为3465μm。面神经核位于脑桥后端，背侧是外展神经核，与动眼神经核相距约为3786μm。前庭神经核非常发达，位于脑桥背侧区，部分延伸至延髓。与动眼神经核相距约为3248μm。舌咽神经核处在延髓内，它的腹侧是迷走神经核，它与动眼神经核相距约为5957μm。迷走神经核也处在延髓内，它腹侧是舌下神经核，它与动眼神经核相距约为6053μm。副神经核是一个位于延髓腹角向背中线的内侧柱，部分延伸至C2-C6颈髓，它与动眼神经核相距约为8113μm。舌下神经核贯穿于延髓，位于延髓中央灰质的腹外侧，与动眼神经核相距约为6835μm。十二对脑神经核团中的嗅神经核团、视神经核团以及前庭蜗神经核团都属于感觉神经核；动眼神经核团、滑车神经核团、展神经核团、副神经核以及舌下神经核团属于运动神经核；三叉神经核团、面神经核团、舌咽神经核团以及迷走神经核团属于混合神经核。我们观察到5-HT、DA、CHAT和CA4十对脑神经核中均有阳性细胞，但是阳性强度有些区别。五羟色胺和多巴胺在运动神经核、感觉神经核以及混合神经核中的阳性强度没有显著性的差异，胆碱乙酰转移酶在感觉神经核的阳性明显强度弱于运动神经核以及混合神经核，而碳酸酐酶4在运动神经核的阳性明显弱于感觉神经核和混合神经核。这可能与不同类型的神经核所具有的主要功能不同有一定的关系。　　采用Nissl染色与免疫组化SABC染色方法观察了初孵扬子鳄脑干中各脑室室管膜细胞的结构以及GFAP、S100B和5-HT在各脑室室管膜内的分布。结果表明中脑导水管和第四脑室位于脑干中，中脑导水管开口于第三脑室的背侧，为不规则的三角形，主体的三角区为扬子鳄的视叶室。三角形的一个角（靠近后侧）相后延伸，形成水管。整个水管及其视叶室的室管膜细胞非常密集，由假复层立方细胞组成。第四脑室处在小脑、脑桥和延髓之间，形状为菱形，所以也叫做菱形窝。第四脑室向上连接了第三脑室，向下与脊髓的中央管相连接，背侧经过正中孔以及外侧孔然后进入到蛛网膜的间隙。第四脑室室管膜细胞密集，为假复层立方上皮。第四脑室可分为背前侧角（外侧隐窝）、背后侧角（外侧隐窝）、腹前侧角（室底）和腹后侧角（室底）四个部分，不同处的室管膜细胞发达程度不同。第四脑室内含有发达的脉络丛。免疫组织化学结果显示，GFAP、S100B和5-HT在初孵扬子鳄脑室管膜细胞中均有分布，但是阳性强度略有不同。GFAP和S100B在第四脑室的阳性强度明显高于在中脑导水管中的。与此同时，中脑导水管内GFAP、S100B和5-HT的阳性强度均无显著性差异，而在第四脑室内，S100B的阳性强度明显高于5-HT和GFAP。这可能与不同室管膜所具有的功能不同有一定的关系。