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针对贵州烟区土传病害(青枯病)区土壤微生物群落结构特征变化尚不明确的问题,本研究在黔东低山丘陵(TZ)、黔中丘原盆地(KY)及黔西高原山地(WN)烟区设置试验点,采用Illumina-MiSeq测序技术,研究了烟区间发病区土壤微生物群落结构特征,分析了发病区(D)和健康区(H)间土壤微生物群落结构差异,以阐明土传病害发生时土壤微生物群落结构的空间变化及发病对土壤微生物群落结构变化的影响;同时通过生防菌F11(B.amyloliquefaciens F11)盆栽试验探索了生物防治对植烟土壤土传病害防治的效果和微生物群落结构的影响。本研究的主要结论如下:(1)植烟土壤土传病害区土壤微生物群落结构大致相同,但其结构特征存在明显地空间变异。不同气候区均以鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、芽单胞菌属(Gemmatimonas)为优势菌属,但各气候区两属的相对丰度差距较大。随着海拔升高,Sphingomonas相对丰度随之增加,Gemmatimonas丰度趋于稳定,且土传病害区优势属中相对丰度大于1%的属逐渐减少。(2)土传病害的发生会明显改变植烟土壤微生物群落结构。OTU及Alpha多样性指数分析表明:相较于H,低海拔气候区D微生物物种较为丰富,高海拔地区物种多样性较高。就土壤生态位来看,各气候区的D与H皆以鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、芽单胞菌属(Gemmatimonas)为优势属,且均以D相对丰度较高;随着海拔升高,D、H相对丰度差距随之变大。聚类分析及PCoA分析表明,同一气候区D、H间微生物群落结构差异较小,但不同气候区D、H微生物优势属相对丰度差异较大,且随着海拔升高相对丰度差距逐渐增加,以WN地区D和H优势属相对丰度差异最大。(3)土壤养分状况、酶活性越高,更可能导致土传病害的发生,进而改变土壤微生物群落结构。不同气候区土壤pH、CEC、脲酶、过氧化氢酶、磷酸酶等13个指标中,整体以D大于H;就发病区而言,结合各气候区实地发病情况,初步判定土壤AN、磷酸酶升高及SOM、蔗糖酶降低是诱导土传病害发生的重要因素。此外,冗余分析(RDA)表明:TZ病害区土壤微生物群落结构受TN影响较大,WN主要受TP、SOM和AN作用,KY则主要受pH、AK影响;而在D、H中,DTZ与HTZ主要受TN作用,DWN与HWN土壤细菌群落受AN、TP、SOM的影响较大;而DKY、HKY间空间距离较远,其中HKY受pH、TK、AK影响。(4)施用B.amyloliquefaciens F11菌剂可有效控制烟株的青枯病病情,以发病初期施用效果最佳,且优于常规农药防治。根际土壤微生物OTU组成及多样性指数表明,病土培养在发病初期施用F11菌剂,其土壤微生物群落的丰富度及多样性与健康土(H)处理趋于相似,二者微生物群落丰富度和多样性高于其余病土处理,说明发病前期施用F11菌剂可能有利于土传病害区土壤微生物生态的修复。病土培养的处理整体以Metallibacterium、Saccharibacteria genera incertae sedis、Ralstonia为优势菌属,但处理间优势菌属相对丰度排序不一致。H中Sphingomonas的丰度较低,但其在病土处理中丰度较高,其中发病前期施用F11菌剂其丰度最低;结合生防效果来看,该属可能是土传病害发生的指示性微生物菌群。