R&D活动是一项摸索性的活动，未知系数很大，很难预测它的预期收益。随着世界经济的发展，人们越来越关注R&D活动，也越来越意识到知识的力量，各个部门都加大了研发力度，但并不是所有的R&D投入都能带来预想中的高产出，这是因为研发部门对研发投入的利用率并不高，从而导致R&D活动无效。经初步判断，我国医药制造业的R&D效率并不高，这不仅将影响本行业的技术进步和发展，而且也将通过关联作用影响到相关行业的技术进步和产业升级。基于此，研究医药制造业的R&D效率将具有很强的现实意义和长远意义，本文通过对医药制造业R&D效率的评价，就是想知道哪些因素影响了其效率的提高，并寻求政策和改进方法。本文运用DEA模型和基于DEA模型的Malmquist指数方法对我国医药制造业的R&D效率进行分行业、分地区的静态和动态的测度与评价。静态测度结果显示：我国制药业的行业分布广泛，遍布全国各个省市及县域，但各个医药企业的市场份额较小；化学制药业由于每个企业的规模小，产值低，没有形成规模优势，以至于其研发活动没有效率；中部地区由于位居大陆中部，相对来说地理位置比较封闭，交通也不是特别便利，所以其经济发展的不是很好，导致其技术也比较落后，规模上也比较小，这两个方面的原因使中部地区研发活动没有效果；动态测度结果显示：近年来，我国医药制造业的R&D效率在整体上是积极发展，努力与先进国家看齐，产值上是有所增长的，但是产值的增长率不是很高，无法与其他领先国家相提并论，差距还是有的；大部分地区技术进步变化指数为负，这说明我国医药制造行业正处于技术瓶颈期；技术进步变化指数小、规模效应不明显制约了我国化学制药业R&D效率水平的提高；中部地区由于位居大陆中部，相对来说地理位置比较封闭，交通也不是特别便利，所以其经济发展的不是很好，导致其技术也比较落后，规模上也比较小，这两个方面的原因使中部地区研发活动没有效果。基于医药制造业的行业特征，本文选择了研发投入、人力资本、市场结构、所有制结构、外商直接投资（FDI）、政府支持、行业潜能共七个方面对R&D效率的作用机制进行了分析。经过理论分析，得出如下结论：研发投入、人力资本、市场集中度、外商直接投资（FDI）、产业潜能对医药制造业R&D效率提高具有很强的正效应。在前面研究的基础之上，为推进我国医药制造业发展，从研发强度、人力资源、规模效应、所有制结构和产业结构等方面提出相应政策和建议。