基于连接反应的微滴式数字PCR检测单细胞中MicroRNA

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MicroRNA是一类内源性的、非蛋白编码的、长度在19-25个碱基的短链RNA,它在调控细胞增殖、分化、凋亡的过程中起着重要的作用。一些microRNA的异常表达与多种疾病相关,因此microRNA已经成为重要的早期临床诊断标志物。然而,由于序列短、序列相似性强以及在细胞水平中相对低的表达水平,造成microRNA的检测困难。最近,microRNA的检测在人类疾病诊断和基础生物学研究中受到了广泛关注。然而,对于microRNA的高灵敏度、特异性检测,尤其是对microRNA的准确定量检测仍然存在着很大的挑战。另外,哺乳动物的不同细胞间的基因表达存在差异,大量细胞样本中的microRNA可能掩盖不同细胞间microRNA表达的重要信息。因此,准确定量单细胞中的microRNA对microRNA表达和细胞功能研究十分重要。综上所述,研究建立一种准确性好、灵敏度高以及操作简便的单细胞中microRNA的定量方法是十分必要的。在本论文中,基于连接PCR检测microRNA方法特异性好、操作简便的特点,结合微滴式数字PCR(ddPCR)灵敏度高,同时可以准确定量的优势,我们研究建立了一种新的microRNA检测方法。以microRNA为目标分子,将两个与microRNA部分互补的核酸探针的3’和5’端分别用两个RNA碱基和磷酸基团修饰,在T4 RNA ligase 2的催化作用下将两个探针连接。连接产物作为核酸扩增反应的模板进行后续的ddPCR扩增。研究建立的检测方法实现低丰度样品中microRNA的定量检测,并且灵敏度高(低至20 aM microRNA可以被检测出来),特异性好,线性范围跨越四个数量级。同时实现了单细胞中microRNA的定量检测。该分析方法可以深入研究单细胞水平上microRNA是如何影响信号通路和细胞功能的,这对于研究与microRNA相关的疾病具有重要的意义。
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