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我们总结了在2002~2003疾病流行期间在广东省SARS的流行病学资料,将整个流行过程划分为早期、中期和晚期三个时期.收集了2002~2003期间的24个病人的提取物或病毒株样本29个,包含了SARS流行的早、中、晚各期,并对这29个样本进行了病毒全基因组测序.结合GenBank中早、中、晚各期的SARS冠状病毒序列32条,以及果子狸SARS样冠状病毒序列2条,进行了SARS冠状病毒的基因组比较研究和分子流行病学研究.2003/2004广州地区新病例具有发病症状轻,没有发生人际传播事件的特点,对2003/2004新发病例中的两例进行了SARS冠状病毒的全基因组测序,并测出了三只果子狸SARS样冠状病毒的全基因组序列.2003/2004的病毒序列同2002/2003的病毒序列比较分析的结果显示,二者之间存在较大差别.在2003/2004的病人及果子狸的病毒序列全部都含有29nt插入片段,同2002/2003早期病人相同,再次提示29nt的片段缺失很可能是在人际传播过程中发生的,这对病毒的活性有何影响还有待于进一步研究.多序列比较的结果在2003/2004病毒序列上发现了几个不同于2002/2003病毒的变异,包括在S蛋白、Orf1ab和Orf3a等的变异都值得引起注意.新发病例在病毒序列上比2002/2003早期病人更接近果子狸序列,进化树分析展示了果子狸→2003/2004病人→2002/2003早期病人→2002/2003中、晚期病人的进化距离远近关系.对2003和2004果子狸SARS样冠状病毒的序列比较,发现这两年的病毒序列也有较大差异,S蛋白非同义变异速率与同义变异速率比值Ka/Ks>1,说明病毒在果子狸中也受到正向选择的压力,提示病毒进入果子狸的时间并不长,因此果子狸可能是一个病毒的新宿主,还有必要继续寻找SARS冠状病毒的其他宿主来源.根据研究结果推测SARS冠状病毒进入人体的路线为:病毒的原始宿主(与果子狸生物圈相重叠的动物)→果子狸→最早期病人→发生突变→早期病人→发生重要突变→中、晚期爆发传播.研究结果表明,SARS冠状病毒在感染人类初期致病能力和传播力比较弱,疾病相对易于控制和治疗,这是防治的关键时刻.