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绒螯蟹(Eriocheir)是东亚地区重要的经济甲壳纲动物之一,特别是中国、韩国和日本的沿海和河流区域。目前,中国大陆地区的绒螯蟹主要分布于辽河、黄河、长江、瓯江、闽江和南流江等水系。虽然辽河、黄河和长江流域野生绒螯蟹群体的种质资源已有一定的开发和应用,养殖产业巨大,经济效益显著,但也面临着近亲繁殖、种质混杂和养殖性能退化等一系列问题。迄今为止,瓯江、闽江和南流江流域绒螯蟹群体的种质资源研究较少,这不利于绒螯蟹的遗传多样性评估、种质资源保护和挖掘利用。有关中华绒螯蟹、合浦绒螯蟹和日本绒螯蟹的系统发育和分类地位依然存在争议,探明其亲缘关系和分类地位有利于绒螯蟹的种质资源保护。鉴于此,本研究首先基于线粒体基因组分子标记和脂肪酸生物标记较为全面的评估了中国沿海6大水系(辽河、黄河、长江、瓯江、闽江和南流江)绒螯蟹群体的遗传多样性和遗传结构。进一步,基于线粒体全基因组序列分析了狭义绒螯蟹(Eriocheir sensu stricto,含有(中华绒螯蟹、合浦绒螯蟹和日本绒螯蟹三个种)的系统发育关系和分类地位,以期为绒螯蟹种质鉴定、亲本选育和资源合理开发与保护等提供基础材料。主要包括下列内容:1基于线粒体DNA COI基因序列分析中国6大水系绒螯蟹群体的遗传多样性和遗传结构辽河、黄河、长江、瓯江、闽江和南流江流域是我国野生绒螯蟹(Eriocheir sensu stricto)主要的分布区域,本研究基于线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基I基因(COI)旨在评估这6个绒螯蟹种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明:基于203个绒螯蟹样本,线粒体COI基因长度为647 bp,共检测到71个可变位点和54个简约位点,单倍型共定义出52个,其中10个单倍型均为6个种群所共有。6个绒螯蟹群体均呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的趋势。AMOVA显示6群体之间的遗传分化水平为极显著差异。最大似然树和单倍型网络图表明,辽河、黄河和长江水系的绒螯蟹群体具有共同的祖先单倍型,与南流江水系的绒螯蟹群体没有交集,瓯江和闽江水系的绒螯蟹群体均匀的分布在这两大支之间。UPGMA的结果表明:地理距离与6个种群的遗传距离值具有一定的关系。根据中性检验和错配分析推断辽河、黄河、长江和南流江水系绒螯蟹群体在瓶颈效应之后经历过种群扩张或较短的进化历史。基于线粒体COI基因序列进一步推测,南流江水系的绒螯蟹群体很有可能与辽河、黄河和长江水系的绒螯蟹群体不是同一个物种。总之,这些结果对绒螯蟹种质资源的评价和开发具有重要意义。2基于脂肪酸生物标记法探讨中国沿海六群体绒螯蟹(Eriocheir sensu stricto)的种群遗传水产动物肌肉中的脂肪酸组成可用于评价其种群遗传。本研究通过测定和比较6水系野生绒螯蟹(Eriocheir sensu stricto)肌肉中的脂肪酸组成,进一步分析了6群体间的遗传多样性和亲缘关系。结果显示:(1)在6水系群体中检测出26种脂肪酸,其中C20:5n3、C18:1n9、C22:6n3、C16:0、C20:4n6、C18:2n6和C18:0为主要种类,其总和占总脂肪酸的74%以上;(2)逐步判别分析法筛选出8种判别贡献较大的脂肪酸,分别是C17:0、C18:0、C20:0、C22:1n9、C18:3n3、C18:3n6、C20:2n6和C22:5n3,据此分别建立判别方程,综合判别准确率为98.33%;(3)聚类分析显示:OJ与MJ群体的欧氏距离最小,HH与YZ群体的欧氏距离比OJ与MJ群体的要大,HP群体与其他5个群体的欧氏距离相对最大;(4)6群体间脂肪酸含量的变异系数在2.99%~30.00%之间,遗传多样性指数变化幅度在3.2732~3.3204之间。综上,基于脂肪酸生物标记法表明6水系绒螯蟹群体遗传多样性指数均较高,脂肪酸可以有效鉴别6水系野生绒螯蟹种群,整体上HP群体和其余5群体间相距最远;本研究结果可为绒螯蟹种质资源评价和开发利用等提供基础资料。3基于线粒体基因组分析中华绒螯蟹、合浦绒螯蟹、日本绒螯蟹和闽江水系绒螯蟹群体的种群遗传及其系统发生关系绒螯蟹是东亚地区重要的经济甲壳动物,有关中华绒螯蟹、合浦绒螯蟹和日本绒螯蟹的系统发育和分类地位一直存在争议,闽江水系绒螯蟹群体的所属关系也存在巨大争议。本研究基于线粒体基因组分析了这四个绒螯蟹群体之间的分类地位、亲缘关系和所属关系。分析结果显示,这四个绒螯蟹线粒体基因组均由13个蛋白编码基因、2个r RNA基因、22个t RNA基因和1个控制区组成,且基因排列顺序也相同。变异位点的分布呈现明显的趋势,中华绒螯蟹、合浦绒螯蟹和日本绒螯蟹均具有自己独有的变异位点,闽江种群绒螯蟹部分个体含有中华绒螯蟹群体的特异性标记,另外部分个体含有合浦绒螯蟹的特异性标记。最大似然树和贝叶斯树的结果显示中华绒螯蟹、合浦绒螯蟹和日本绒螯蟹均整齐的分为三大支,且闽江水系绒螯蟹群体的个体均匀的分布于中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹群体之间。综上,我们推测长江、合浦和日本绒螯蟹群体很有可能是绒螯蟹属中三个分类地位完全相同的种。而闽江群体在线粒体基因组的序列上与长江和合浦绒螯蟹群体之间均存在交集,推测闽江水系中的绒螯蟹群体很有可能是中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹的混杂群体。